Η πόλη Μπαχτσισαράι και το ανάκτορο ανατέθηκαν από τη δυναστεία Χαν της Κριμαίας, η οποίη μετέφερε την πρωτεύουσά της εκεί από το Σαλατσίκ στο πρώτο μισό του 16ου αιώνα. Ο περίπλοκος σχεδιασμός και οι μιναρές του παλατιού κατασκευάστηκαν τον 16ο αιώνα από Οθωμανούς, Πέρσες και Ιταλούς αρχιτέκτονες. Αργότερα οι ζημιές απαιτούσαν μερική ανακατασκευή, αλλά η δομή εξακολουθεί να μοιάζει με την αρχική της μορφή. Μερικά κτίρια που βρίσκονται σήμερα στο ανάκτορο προσαρτήθηκαν αργότερα, ενώ μερικά από τα αρχικά κτίρια δεν μπορούσαν να αντέξουν μετά τον 18ο αιώνα.[1]

Το 2017, το παλάτι υποβλήθηκε σε αποκατάσταση, η οποία διευθύνθηκε από το Atta Group με έδρα τη Μόσχα, μια εταιρεία με μικρή εμπειρία στην ιστορική συντήρηση.[2][3] Στο πλαίσιο της διαδικασίας, τα ενός αιώνα δρύινα δοκάρια του παλατιού αφαιρέθηκαν και αντικαταστάθηκαν από σκυρόδεμα, αφαιρέθηκαν τα αρχικά πλακάκια, ενώ οι τοιχογραφίες του 18ου αιώνα υπέστησαν ζημιές από ένα ρεύμα νερού υψηλής πίεσης.[2] Επιπλέον, εμφανίστηκαν ρωγμές στην πρόσοψη του κτιρίου και ο γύψος έπεσε κατά τη διάρκεια του καθαρισμού υπό πίεση.[4] Σε απάντηση στις φερόμενες ζημιές, το Υπουργείο Εξωτερικών της Ουκρανίας έστειλε ανακοίνωση διαμαρτυρίας στην UNESCO, η οποία διαχειρίζεται τα Μνημεία Παγκόσμιας Κληρονομιάς, αφού το μέρος Μπαχτσισαράι προστέθηκε στον προσωρινό κατάλογο των Τόπων Παγκόσμιας Κληρονομιάς του οργανισμού το 2003.[5][6]