Η περιοχή του Κερνάβ κατοικήθηκε αραιά στο τέλος της Παλαιολιθικής εποχής, με τον αριθμό των οικισμών να αυξάνεται σημαντικά στις μεσολιθικές και νεολιθικές εποχές.

Η πόλη αναφέρθηκε για πρώτη φορά το 1279, όταν, ως πρωτεύουσα του Μεγάλου Δούκα Τραϊντένις, πολιορκήθηκε από τους Τευτονικούς Ιππότες. Το 1390, κατά τη διάρκεια του Λιθουανικού Εμφυλίου Πολέμου (1389–1392), οι ιππότες έκαψαν την πόλη και τα κτήριά της στην κοιλάδα Παγιάουτα, συμπεριλαμβανομένου του κάστρου. Μετά από αυτήν την επιδρομή, η πόλη δεν ξαναχτίστηκε και οι υπόλοιποι κάτοικοι μετακόμισαν στην κορυφή του λόφου αντί να μείνουν στην κοιλάδα.

Τα τελευταία χρόνια, τα ερείπια της πόλης καλύφθηκαν με ένα στρώμα γης, που σχημάτισε υγρή τύρφη. Διατήρησε τα περισσότερα από τα λείψανα ανέπαφα, και αποτελεί θησαυρό για τους αρχαιολόγους, οδηγώντας ορισμένους να ονομάσουν το Κερνάβ «την Τροία της Λιθουανίας».[1] Για παράδειγμα, ο Κερνάβ έχει την παλαιότερη γνωστή medgrinda, έναν μυστικό υποβρύχιο δρόμο πλακόστρωτο με ξύλο. Ο δρόμος χρησιμοποιήθηκε για άμυνα και χρονολογείται από τον 4-7ο αιώνα.

Το 1613, η πόλη σημειώθηκε σε έναν διάσημο χάρτη του Μεγάλου Δουκάτου της Λιθουανίας - Magni Ducatus Lithuaniae, et Regionum Adiacentium exacta Descriptio- που εκτυπώθηκε στο Άμστερνταμ και χρηματοδοτήθηκε από τον λιθουανό μεγιστάνα Μικαλόγιους Κριστούπας Ραντβίλα Νασλαϊτέλις (Mikalojus Kristupas Radvila Našlaitėlis).

Η τοποθεσία έγινε αντικείμενο ευρύτερου ενδιαφέροντος ξανά στα μέσα του 19ου αιώνα, όταν ένας ρομαντικός συγγραφέας, ο Φέλικς Μπερνάτοβιτς (Feliks Bernatowicz), απεικόνισε την περιοχή στο μυθιστόρημά του "Pojata, córka Lizdejki" ("Pajauta, Κόρη της Lizdeika", Βαρσοβία, 1826). Οι λόφοι ανασκάφτηκαν σύντομα από τους αδελφούς Τυσκίεβιτς (Tyszkiewicz) και έπειτα από τον Βλαντισλάβ Συροκόμλα (Władysław Syrokomla) (1859). Μετά τον Β 'Παγκόσμιο Πόλεμο, τα ανασκαφικά έργα ξεκίνησαν εκ νέου από το Πανεπιστήμιο του Βίλνιους το 1979 και, στη συνέχεια, από το Λιθουανικό Ινστιτούτο Ιστορίας μεταξύ 1980-1983. Το κρατικό πολιτιστικό καταφύγιο του Κερνάβ δημιουργήθηκε το 2003.