Η πόλη του Μπέργκεν θεωρείτο παραδοσιακά ότι είχε ιδρυθεί από τον βασιλιά Όλαφ Κύρε, γιο του Χάραλντ Γ΄ της Νορβηγίας Χάρντροντε, το 1070 μ.Χ.,[1] τέσσερα χρόνια μετά το τέλος της Εποχής των Βίκινγκ στην Αγγλία με τη Μάχη του Στάμφορντ Μπριτζ. Ωστόσο η σύγχρονη έρευνα έχει ανακαλύψει ότι ένας εμπορικός οικισμός είχε ήδη ιδρυθεί τη δεκαετία του 1020 ή του 1030 [2].

Το Μπέργκεν απέκτησε σταδιακά τον ρόλο της πρωτεύουσας της Νορβηγίας στις αρχές του 13ου αιώνα, ως πρώτη πόλη όπου ιδρύθηκε μια στοιχειώδης κεντρική διοίκηση. Ο καθεδρικός ναός της πόλης ήταν ο τόπος της πρώτης βασιλικής στέψης στη Νορβηγία τη δεκαετία του 1150 και όπου συνέχισαν να γίνονται οι βασιλικές στέψεις καθ 'όλη τη διάρκεια του 13ου αιώνα. Το φρούριο Μπέργκενχους χρονολογείται από τη δεκαετία του 1240 και προστατεύει την είσοδο του λιμανιού της πόλης. Η θέση της πρωτεύουσας μεταφέρθηκε στο Όσλο κατά τη βασιλεία του Βασιλιά Χάακον Ε΄ (1299-1319).

Στα μέσα του 14ου αιώνα Βορειογερμανοί έμποροι, που ήταν ήδη παρόντες σε σημαντικούς αριθμούς από τον 13ο αιώνα, ίδρυσαν ένα από τα τέσσερα Κοντόρε (ξένους εμπορικούς σταθμούς) της Χανσεατικής Ένωσης στο Μπρύγκεν του Μπέργκεν. Η κύρια εξαγωγή που εμπορευόταν το Μπέργκεν ήταν ο αποξηραμένος μπακαλιάρος από τις ακτές της Βόρειας Νορβηγίας [3], που ξεκίνησε γύρω στο 1100. Στην πόλη παραχωρήθηκε το μονοπώλιο για το εμπόριο αυτό από τη Βόρειας Νορβηγία από τον Βασιλιά Χάακον Χάακονσον (1217-1263). Ο ξηρός μπακαλιάρος ήταν ο κύριος λόγος για τον οποίο η πόλη έγινε ένα από τα μεγαλύτερα κέντρα εμπορίου της Βόρειας Ευρώπης. [4] Στα τέλη του 14ου αιώνα το Μπέργκεν είχε καθιερωθεί ως το κέντρο του εμπορίου στη Νορβηγία [5]. Οι Χανσεατικοί έμποροι ζούσαν στη δική τους ξεχωριστή συνοικία της πόλης, όπου μιλούσαν Γερμανικά, απολαμβάνοντας αποκλειστικά δικαιώματα για το εμπόριο με τους ψαράδες από τον βορρά, που κάθε καλοκαίρι έπλεαν στο Μπέργκεν[6]. Σήμερα η παλιά αποβάθρα του Μπέργκεν, Μπρύγκεν, είναι στον κατάλογο των Μνημείων Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO [7].

Το 1349 ο Μαύρος Θάνατος μεταδόθηκε στη Νορβηγία από αγγλικό πλοίο που έφτασε στο Μπέργκεν [9]. Μεταγενέστερες εξάρσεις εμφανίστηκαν το 1618, το 1629 και το 1637, κάθε φορά αφαιρώντας περίπου 3.000 ζωές. [10] Τον 15ο αιώνα η πόλη δέχθηκε επίθεση αρκετές φορές από πειρατές, [11] που το 1429 κατάφεραν να κάψουν το βασιλικό κάστρο και μεγάλο μέρος της πόλης. Το 1665 στο λιμάνι της πόλης έγινε η Ναυμαχία του Βόγκεν, όταν ένας Αγγλικός στολίσκος επιτέθηκε εναντίον ενός Ολλανδικού εμπορικού στόλου, υποστηριζόμενου από τη φρουρά της πόλης. Τυχαίες πυρκαγιές μερικές φορές γίνονταν ανεξέλεγκτες και μια το 1702 κατέκαψε το μεγαλύτερο μέρος της πόλης.

Κατά τον 15ο και τον 16ο αιώνα το Μπέργκεν παρέμεινε μία από τις μεγαλύτερες πόλεις της Σκανδιναβίας και ήταν η μεγαλύτερη πόλη της Νορβηγίας μέχρι τη δεκαετία του 1830,[12] όταν η πρωτεύουσα Όσλο έγινε μεγαλύτερη. Από περίπου το 1600 η ​​κυριαρχία των Χανσεατικών στο εμπόριο της πόλης σταδιακά μειώθηκε υπέρ των Νορβηγών εμπόρων (συχνά της Χανσεατικής καταγωγής) και τη δεκαετία του 1750 τα Χανσεατικά Kontore τελικά έκλεισαν. Το Μπέργκεν διατήρησε το μονοπώλιο του εμπορίου με τη βόρεια Νορβηγία μέχρι το 1789. [13] Το Χρηματιστήριο του Μπέργκεν (Bergen børs), ιδρύθηκε το 1813.

Το Μπέργκεν χωρίστηκε από το Χόρνταλαντ, αποτελώντας ξεχωριστή περιφέρεια, το 1831. [14] Ιδρύθηκε ως δήμος την 1η Ιανουαρίου 1838. Ο αγροτικός δήμος των περιοχών γύρω από το Μπέργκεν (Bergen landdistrikt) συγχωνεύθηκε με το Μπέργκεν την 1η Ιανουαρίου 1877 [15] και ο αγροτικός δήμος Ώρσταντ την 1η Ιουλίου 1915. Το 1916 τμήματα του κέντρου της πόλης καταστράφηκαν από πυρκαγιά.

Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου το Μπέργκεν καταλήφθηκε την πρώτη ημέρα της Γερμανικής εισβολής στις 9 Απριλίου 1940, μετά από μια σύντομη μάχη μεταξύ των Γερμανικών πλοίων και του Νορβηγικού παράκτιου πυροβολικού. Οι νορβηγικές αντιστασιακές οργανώσεις στο Μπέργκεν ήταν το Σάμποργκ, το Μίλοργκ, η Ομάδα Θήτα (Theta-gruppen), το Σίβοργκ, η οργάνωση Στάιν (Stein-organisasjonen) και το Κομμουνιστικό Κόμμα.[16] Στις 20 Απριλίου 1944, κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής, το ολλανδικό φορτηγό πλοίο Voorbode αγκυροβόλησε το φρούριο Μπέργκενχους, φορτωμένο με πάνω από 120 τόνους εκρηκτικών και ανατίναξε, σκοτώνοντας τουλάχιστον 150 άτομα και προξενώντας ζημιές σε ιστορικά κτίρια. Η πόλη υπέστη Συμμαχικούς βομβαρδισμούς, που στόχευαν Γερμανικές ναυτικές εγκαταστάσεις στο λιμάνι. Ορισμένοι από αυτούς προκάλεσαν περίπου 100 απώλειες Νορβηγών αμάχων.

Το Μπέργκεν είναι επίσης γνωστό στη Νορβηγία για τη Γυναίκα του Ίσνταλ (Νορβηγικά: Isdalskvinnen), μια άγνωστη γυναίκα, που βρέθηκε νεκρή στο Ίσνταλ ("Κοιλάδα του Πάγου") στις 29 Νοεμβρίου 1970. [17] Η αδιευκρίνιστη υπόθεση ενθάρρυνε παγκοσμίως διάφορες θεωρίες επί χρόνια και παραμένει ένα από τα μεγαλύτερα μυστήρια της πρόσφατης ιστορίας της Νορβηγίας [18][19].

Οι αγροτικοί δήμοι Άρνα, Φάνα, Λάκσεβωγκ και Ωσάνε συγχωνεύθηκαν με το Μπέργκεν την 1η Ιανουαρίου 1972, οπότε η πόλη έχασε την ιδιότητά της ως ξεχωριστή περιφέρεια [20] και ο Μπέργκεν είναι σήμερα δήμος της περιφέρειας Χόρνταλαντ.

Το 2000 το Μπέργκεν ήταν μια από τις 9 ευρωπαϊκές πόλεις που τιμήθηκαν ως Πολιτιστικές Πρωτεύουσες της Ευρώπης.[21]

Στην πόλη υπάρχει το ομώνυμο Πανεπιστήμιο, στο οποίο ανήκει το Μουσείο του Μπέργκεν, και ένα πανεπιστημιακό κολλέγιο, με συνολικό αριθμό 22.000 φοιτητών και 3.600 εργαζομένων. Το πανεπιστήμιο ιδρύθηκε το 1946 και δραστηριοποιείται στη ναυτιλιακή έρευνα και στη συνεργασία με αναπτυσσόμενες χώρες. Το 2002 βραβεύτηκε σε τρεις τομείς: κλιματική έρευνα, έρευνα για το πετρέλαιο, καθώς και μεσαιωνικές σπουδές.

Το 2017 ιδρύθηκε στην πόλη η ελληνική ενορία του Αγίου Χρυσοστόμου Σμύρνης.[22]

Η ιστορία της πόλης έχει σημαδευτεί από πολλές μεγάλες πυρκαγιές. Το 1198 η παράταξη των Μπάγκλερ πυρπόλησε την πόλη στο πλαίσιο μιας σύγκρουσης με την παράταξη των Μπιρκεμπάινερ κατά τον εμφύλιο πόλεμο του 1248. Κάηκαν το Χόλμεν και το (κάστρο) Σβέρεσμποργκ και 11 εκκλησίες καταστράφηκαν. Το 1413 μια άλλη πυρκαγιά έπληξε την πόλη και καταστράφηκαν 14 εκκλησίες. Το 1428 η πόλη λεηλατήθηκε από πειρατές και το 1455 οι Χανσεατικοί έμποροι ήταν υπεύθυνοι για τον εμπρησμό του Αββαείου Μούνκελιβ. Το 1476 το Μπρύγκεν κάηκε από μια φωτιά που ξεκίνησε από ένα μεθυσμένο έμπορο. Το 1582 μια άλλη πυρκαγιά έπληξε το κέντρο της πόλης και το Στράντσιντεν. Το 1675 105 κτίρια κάηκαν στο Εβρεγκάτεν. Το 1686 μια άλλη μεγάλη πυρκαγιά έπληξε το Στράντσιντεν, καταστρέφοντας 231 τετράγωνα και 218 λεμβοστάσια. Η μεγαλύτερη πυρκαγιά στην ιστορία έγινε το 1702, όταν κατακάηκε το 90% της πόλης. Το 1751 σημειώθηκε μεγάλη πυρκαγιά στο Βόγκσμπουνεν. Το 1756 μια ακόμη πυρκαγιά έκαψε 1.500 κτίρια στο Στράντσιντεν, που το έπληξαν και άλλες μεγάλες πυρκαγιές το 1771 και το 1901. Το 1916 300 κτίρια κάηκαν στο κέντρο της πόλης και το 1955 κατακάηκαν τμήματα του Μπρύγκεν.

Οι Αρχαιονιρδικοί τύποι του ονόματος ήταν Bergvin και Bjǫrgvin (στην Ισλανδική και τη Φεροϊκή η πόλη ονομάζεται ακόμα Björgvin). Το πρώτο συνθετικό είναι το berg ή bjǫrg, που μεταφράζεται ως "βουνό" και το δεύτερο είναι το vin (f.), που σημαίνει ένα νέο οικισμό όπου υπήρχε βοσκοτόπι ή λιβάδι. Το πλήρες νόημα είναι συνεπώς "το λιβάδι ανάμεσα στα βουνά" [23]. Αυτό είναι ένα κατάλληλο όνομα: το Μπέργκεν ονομάζεται συχνά "η πόλη ανάμεσα στα επτά βουνά". Ήταν ο θεατρικός συγγραφέας Λούντβιχ Χόλμπεργκ που ήταν τόσο επηρεασμένος από τους επτά λόφους της Ρώμης ώστε αποφάσισε ότι η πατρίδα του πρέπει να είναι ευλογημένη με αντίστοιχα επτά βουνά - και οι ντόπιοι εξακολουθούν να διαφωνούν για το ποιά είναι αυτά τα επτά.

Το 1918 έγινε μια καμπάνια για την επανεισαγωγή του Νορδικού τύπου Bjørgvin ως ονόματος της πόλης, που απορρίφθηκε - αλλά ως συμβιβασμός, το όνομα της επισκοπής έγινε Bjørgvin bispedømme[24].