Η ιδέα για τη δημιουργία ενός μεγάλου νέου μουσείου στη Βαρσοβία αφιερωμένο στην ιστορία των Πολωνοεβραίων ξεκίνησε το 1995 από την Ένωση του Εβραϊκού Ιστορικού Ινστιτούτου της Πολωνίας.[1] Την ίδια χρονιά, το Δημοτικό Συμβούλιο της Βαρσοβίας διέθεσε τη γη για αυτόν τον σκοπό στο Μουράνουφ, την προπολεμική εβραϊκή συνοικία της Βαρσοβίας και τοποθεσία του πρώην Γκέτο της Βαρσοβίας, απέναντι από το Μνημείο των Ηρώων του Γκέτο της Βαρσοβίας. Το 2005, η Ένωση του Εβραϊκού Ιστορικού Ινστιτούτου της Πολωνίας δημιούργησε μια ιδιωτική-δημόσια συνεργασία με το Πολωνικό Υπουργείο Πολιτισμού και Εθνικής Κληρονομιάς και την πόλη της Βαρσοβίας. Ο πρώτος διευθυντής του Μουσείου ήταν ο Γέζι Χάλμπερστατ. Τον Σεπτέμβριο του 2006, μια ειδικά σχεδιασμένη σκηνή που ονομάζεται Ohel (η εβραϊκή λέξη για τη σκηνή) ανεγέρθηκε για εκθέσεις και εκδηλώσεις στο χώρο της μελλοντικής τοποθεσίας του μουσείου.[1]

Ένας διεθνής αρχιτεκτονικός διαγωνισμός για το σχεδιασμό του κτηρίου ξεκίνησε το 2005, με την υποστήριξη του Υπουργείου Πολιτισμού και Εθνικής Κληρονομιάς. Στις 30 Ιουνίου 2005, ο νικητής ανακοινώθηκε από την κριτική επιτροπή ως η ομάδα δύο Φινλανδών αρχιτεκτόνων, των Ράινερ Μάχλαμακι και Ίλμαρι Λάχντελμα.[2] Στις 30 Ιουνίου 2009, εγκαινιάστηκε επίσημα η κατασκευή του κτιρίου. Το έργο ολοκληρώθηκε σε 33 μήνες με κόστος 150 εκατομμυρίων ζλότι, τα οποία διατέθηκαν από το Υπουργείο και τον Δήμο,[α] με συνολικό κόστος 320 εκατομμύρια ζλότι.[4][5] Υποστηρίζεται οικονομικά από ετήσιους πόρους του Υπουργείου Πολιτισμού της Πολωνίας και του Δημοτικού Συμβουλίου της Βαρσοβίας.[6]

Το κτίριο άνοιξε και το μουσείο ξεκίνησε τα εκπαιδευτικά και πολιτιστικά του προγράμματα στις 19 Απριλίου 2013, στην 70η επέτειο της Εξέγερσης του Γκέτο της Βαρσοβίας. Κατά τη διάρκεια των 18 μηνών που ακολούθησαν, περισσότεροι από 180.000 επισκέπτες περιηγήθηκαν στο κτίριο, επισκέφτηκαν τις πρώτες προσωρινές εκθέσεις και έλαβαν μέρος σε πολιτιστικά και εκπαιδευτικά προγράμματα και εκδηλώσεις, συμπεριλαμβανομένων προβολών ταινιών, συζητήσεων, εργαστηρίων, παραστάσεων, συναυλιών και διαλέξεων. Τα εγκαίνια, με την ολοκληρωμένη Κεντρική Έκθεση, πραγματοποιήθηκαν στις 28 Οκτωβρίου 2014.[7] Η Κεντρική Έκθεση τεκμηριώνει και εορτάζει τη χιλιετή ιστορία της εβραϊκής κοινότητας στην Πολωνία που αποδεκατίστηκε από το Ολοκαύτωμα.[8][9]

Το 2016, το μουσείο κέρδισε το Βραβείο Ευρωπαϊκού Μουσείου της Χρονιάς από το Ευρωπαϊκό Φόρουμ Μουσείων.[10]

Σφάλμα αναφοράς: Υπάρχουν ετικέτες <ref> για κάποια ομάδα με το όνομα «lower-greek», αλλά δεν βρέθηκε καμία αντίστοιχη ετικέτα <references group="lower-greek"/>