Περισσότεροι από 420 καταγεγραμμένοι αρχαιολογικοί τόποι στο έδαφος του Πάρκου Κρούγερ μαρτυρούν την κατοίκησή του από τον άνθρωπο πολύ πριν από τη νεότερη εποχή. Ωστόσο η πλειονότητά τους κατοικήθηκε για σχετικώς σύντομες χρονικές περιόδους, καθώς τα πολλά σαρκοφάγα ζώα και η μύγα τσε-τσε δυσχέραιναν και περιόριζαν την κτηνοτροφία βοοειδών. Στον λόφο Μαζορίνι γινόταν μεταλλουργία σιδήρου από τους ιθαγενείς μέχρι την εποχή Μφεκάνε τον 18ο αιώνα.

Πριν από τον Δεύτερο Πόλεμο των Μπόερς η έκταση που σήμερα αποτελεί το πάρκο ήταν μια απομακρυσμένη περιοχή του έσχατου άγριου μέρους της ανατολικής Δημοκρατίας του Τράνσβααλ, κατοικούμενη τότε από λίγους ιθαγενείς Τσόνγκα. Ο τότε πρόεδρος της χώρας αυτής Πάουλ Κρούγερ, ανακήρυξε την έκταση αυτή καταφύγιο για την προστασία των άγριων ζώων. Ο Έιμπελ Τσάπμαν, κυνηγός ο ίδιος αλλά με αγάπη για τη φύση, διεπίστωσε με άλλους κυνηγούς ότι η περιοχή είχε «υπερθηρευθεί» στα τέλη του 19ου αιώνα και φρόντισε να λάβει αυτό το γεγονός ευρύτερη δημοσιότητα. Έτσι το 1895 ο Γιάκομπ Λούις φαν Βυκ εισήγαγε προς συζήτηση στο κοινοβούλιο του Τράνσβααλ μια πρόταση για τη δημιουργία του καταφυγίου θηραμάτων. Η προταθείσα περιοχή εκτεινόταν από τον Ποταμό των Κροκοδείλων έως τον Ποταμό Σάμπι στα βόρεια. Η πρόταση έγινε δεκτή για συζήτηση τον Σεπτέμβριο του 1895 με πλειοψηφία μιας μόνο ψήφου και το αποτέλεσμα ήταν η προαναφερθείσα ανακήρυξη από τον Κρούγερ της δημιουργίας ενός «Κρατικού Πάρκου Αγρίας Ζωής», στις 26 Μαρτίου 1898. Αργότερα έγινε γνωστό ως «Καταφύγιο Θηραμάτων του Σάμπι».

Ο πρώτος υπεύθυνος του πάρκου ήταν ο Αγγλοϊρλανδός Τζέιμς Στήβενσον-Χάμιλτον (James Stevenson-Hamilton, 1867-1957), που ανέλαβε τη θέση το 1902 και παρέμεινε σε αυτή έως το 1946. Το καταφύγιο αντιστοιχούσε μόλις στο νότιο ένα τρίτο του σημερινού πάρκου.[1] Το Καταφύγιο του Σινγκουέζντι, το σημερινό βόρειο τμήμα του Πάρκου Κρούγερ, ανακηρύχθηκε[2] καταφύγιο το 1903. Στις επόμενες δεκαετίες όλες οι φυλές ιθαγενών απομακρύθηκαν από το καταφύγιο, με τους τελευταίους να μετεγκαθίστανται τη δεκαετία του 1960 από το τρίγωνο Παφούρι ή Μακουλέκε (στα βόρεια). Στις 31 Μαΐου 1926 το Καταφύγιο Θηραμάτων του Σάμπι, το Καταφύγιο του Σινγκουέζντι και εκτάσεις αγροκτημάτων συνενώθηκαν, και έτσι δημιουργήθηκε το Εθνικό Πάρκο Κρούγερ.[3]

 Αναμνηστική πλάκα στο Πάρκο. Από καιρού σε καιρό πράγματι σκοτώνονται άνθρωποι από άγρια θηρία, ωστόσο αυτό είναι εξαιρετικά σπάνιο.

Οι πρώτες κάπως μεγάλες ομάδες τουριστών άρχισαν να επισκέπτονται το καταφύγιο από το 1923, αλλά ως μέρος ευρύτερου «τουρ» που διοργάνωνε η Εταιρεία των Σιδηροδρόμων. Σύντομα ωστόσο έγινε το πιο ενδιαφέρον τμήμα του τουρ, γεγονός που χάρισε πολύτιμη στήριξη στην εκστρατεία να μετατραπεί το τότε καταφύγιο Sabie Game Reserve σε εθνικό πάρκο.[4][5]

Τα πρώτα τρία αυτοκίνητα με τουρίστες μπήκαν στο πάρκο το έτος 1927 και ο αριθμός τους «εκτοξεύθηκε» σε 180 το 1928 και σε 850 αυτοκίνητα το 1929.

Το 1959 άρχισαν εργασίες για την πλήρη περίφραξη των συνόρων του πάρκου, με βασικό στόχο τον περιορισμό της διαδόσεως ασθενειών, τη διευκόλυνση της φυλάξεως των συνόρων και τον περιορισμό της λαθροθηρίας.[4] Το έργο ολοκληρώθηκε λίγα χρόνια αργότερα.

Το 1996 η φυλή Μακουλέκε υπέβαλε αίτηση διεκδικήσεως γης για έκταση 198,42 τετραγωνικών χιλιομέτρων, στο Παφούρι, το βορειότερο μέρος του Πάρκου.[6] Η γη τελικώς επιστράφηκε στη φυλή, ωστόσο τα μέλη της επέλεξαν να μην επανεγκατασταθούν εκεί, αλλά να επενδύσουν στον τουρισμό σε συνεργασία με τον ιδιωτικό τομέα της οικονομίας: κτίσθηκαν αρκετοί ξενώνες, από τους οποίους τα μέλη της φυλής προσπορίζονται δικαιώματα.[7][8]

Στα τέλη της δεκαετίας του 1990 τα Καταφύγια Κλαζέρι, Όλιφαντς και Μπαλούλε, εκτάσεως συνολικά 4.000 τετραγωνικών χιλιομέτρων, ενσωματώθηκαν στο Πάρκο Κρούγερ. Την επόμενη δεκαετία, το 2002, το Πάρκο Κρούγερ ενσωματώθηκε στο «Μέγα Διασυνοριακό Πάρκο του Λιμπόπο», που περιλαμβάνει και το Εθνικό Πάρκο Γκοναρέζου στη Ζιμπάμπουε και με το Εθνικό Πάρκο του Λιμπόπο στη Μοζαμβίκη.[3]