Γύρω στο 1000 η περιοχή, όπου σήμερα βρίσκεται η πόλη, ήταν βαλτώδης και την διέσχιζαν πολλοί μικροί ποταμοί, μεταξύ των οποίων και ο Χάουε. Κατά τον 11ο και 12ο αιώνα άρχισε σιγά σιγά να καλλιεργείται το υποκείμενο τυρφώδες έδαφος στα ανατολικά και δυτικά της σημερινής πόλης και κατά μήκος των οχθών του ποταμού. Το 1139 υπάρχει αναφορά της Χάουντα σε επίσημο έγγραφο της Επισκοπής της Ουτρέχτης.

Κατά τον 13ο αιώνα ο ποταμός Χάουε συνδέθηκε με τον Παλαιό Ρήνο (de Oude Rijn), ενώ στις εκβολές του Έισελ (De Hollandse IJssel) δημιουργήθηκε ένα μικρό λιμάνι. Την ίδια εποχή κτίστηκε το μεσαιωνικό κάστρο, που δεν υπάρχει σήμερα, για να προστατεύει αυτό το λιμάνι. Δημιουργήθηκε έτσι μία «αλυσίδα» εμπορίου με κρίκους την πόλη και κατ’ επέκταση τις γύρω περιοχές, την Φλάνδρα και τη Γαλλία. Το 1272 η Χάουντα απέκτησε Χάρτα Δικαιωμάτων.

Το 1361 και το 1438 μεγάλες πυρκαγιές κατέστρεψαν την πόλη, μάλιστα λέγεται ότι στην πυρκαγιά του 1438 μόνο 4 σπίτια διασώθηκαν. Κατά τη διάρκεια του Ογδοηκονταετούς Πολέμου οι συμμαχικές αντιστασιακές δυνάμεις (de Geuzen) άρχισαν να γκρεμίζουν το κάστρο με τη δικαιολογία ότι θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για την άμυνα της πόλης σε περίπτωση κατάληψής της από τους Ισπανούς. Πάντως διαχρονικά αυτή τους η ενέργεια αντιμετωπίστηκε με αρκετό σκεπτικισμό, δεδομένου ότι αμφισβητείται ο λόγος για τον οποίο έγινε. Η κατεδάφιση του κάστρου ολοκληρώθηκε μόλις στις αρχές του 19ου αιώνα.

Το τελευταίο τέταρτο του 16ου αιώνα η Χάουντα αντιμετώπισε σοβαρά οικονομικά προβλήματα. Κατά το πρώτο μισό του 17ου αιώνα άρχισε σταδιακή ανάκαμψη και μεταξύ των ετών 1665 και 1672 η πόλη γνώρισε οικονομική άνθηση. Όμως μετά το ξέσπασμα του Ολλανδικού Πολέμου (de Hollandse Oorlog) (1672) η πόλη έπεσε ξανά σε κρίση, που ουσιαστικά κράτησε μέχρι τις αρχές του 19ου αιώνα. Επί πλέον το 1673 θανατηφόρα επιδημία πανώλης αποδεκάτισε τον πληθυσμό σκοτώνοντας περίπου 3000 κατοίκους, ήτοι το 20% του τότε πληθυσμού.

Κατά τον 19ο αιώνα κατεδαφίστηκαν τα τείχη της πόλης και το 1832 ξέσπασε νέα επιδημία, χολέρας αυτή τη φορά, που αντιμετωπίστηκε με την κατασκευή νέων δικτύων ύδρευσης και αποχέτευσης. Τα αμέσως επόμενα χρόνια η ίδρυση βιομηχανιών παραγωγής κεριών και νημάτων υφαντουργίας έδωσε οικονομική ανάσα στην πόλη, που επιτάθηκε με την έλευση του σιδηροδρόμου το 1855. Στις αρχές του 20ού αιώνα άρχισε η σταδιακή επέκταση της Χάουντα μέσω της δημιουργίας νέων συνοικιών.

Κατά τον Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο η στρατηγική θέση της πόλης υπήρξε η αιτία για τους σφοδρούς βομβαρδισμούς της από τους Συμμάχους, που κόστισαν τη ζωή 45 ανθρώπων. Μετά τον πόλεμο συνεχίστηκε η οικιστική επέκταση της Χάουντα με σταδιακή επιχωμάτωση πολλών ιστορικών χράχτεν, που μόνο κατόπιν έντονων διαμαρτυριών των κατοίκων πήραν ένα τέλος. Από τις δύο μεγάλες αγορές της πόλης επέζησε η Αγορά του Τυριού (De Kaasmarkt) ως τουριστική ατραξιόν, ενώ η Αγορά Χοίρων (De Varkensmarkt) έκλεισε οριστικά.