Η πρώιμη ιστορία της συνδέεται με τη συγκομιδή του αλατιού. Το όνομα Halle προήλθε από το βρετανικό «Halen», λέξη για το αλάτι («salann» βλ. στα ιρλανδικά). Το όνομα του ποταμού Ζάαλε (Saale) περιέχει επίσης τη ρίζα της γερμανικής λέξης για το αλάτι, καθώς γίνεται συγκομιδή του στο Χάλλε από την εποχή του Χαλκού (2300-600 π.Χ.). Η πόλη αναφέρεται για πρώτη φορά το 806. Αποτέλεσε τμήμα της Αρχιεπισκοπής του Μαγδεβούργου τον 10ο αιώνα. Σύμφωνα με ιστορικά έγγραφα η πόλη του Χάλλε υπήρξε μέλος της Χανσεατικής Ένωσης τουλάχιστον από το 1281.

Κοντά στο τέλος του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου πραγματοποιήθηκαν δύο βομβαρδισμοί: ο πρώτος στις 31 Μαρτίου 1945, ο δεύτερος μερικές ημέρες αργότερα. Στις 17 Απριλίου 1945 η Χάλλε είχε καταληφθεί από τα αμερικανικά στρατεύματα, ενώ τον Ιούλιο οι Αμερικανοί αποσύρθηκαν και η πόλη κατελήφθη από τον Κόκκινο Στρατό.

Η πόλη είναι η γενέτειρα του μεγάλου μουσικοσυνθέτη Γκέοργκ Φρίντριχ Χέντελ (1685 - 1759).