Το Εμπάνζα Κόνγκο ήταν κάποτε η έδρα του Μανικόνγκο, του κυβερνήτη του Βασιλείου του Κονγκό, το οποίο στη μέγιστη ακμή του έφτανε από τις ακτές του Ατλαντικού της μεσημβρινής Αφρικής μέχρι τον ποταμό Ενκίσι. Ο Μανικόνγκο επιλέχθηκε από ηγέτες της φυλής για να κυβερνήσει μία έκταση περίπου 482 χλμ2, μια περιοχή που σήμερα είναι μέρος πολλών κρατών. Οι Πορτογάλοι που έφτασαν για πρώτη φορά στην περιοχή το 1491 ταξίδεψαν δέκα ημέρες για να φτάσουν εκεί από τις εκβολές του ποταμού Κονγκό.[1]

 Πορτογαλικός θυρεός του Σάο Σαλβαντόρ

Οι πρώτοι καταγεγραμμένοι βασιλείς ανέφεραν την πόλη τους στην αλληλογραφία τους ως «πόλη του Κονγκό» (cidade do Congo ) ενώ το όνομα της πόλης ως Σάο Σαλβαντόρ εμφανίζεται για πρώτη φορά στα γράμματα του Αλβάρο Α΄ του Κονγκό (1568–1587). Η χρήση του συνεχίστηκε και από τους διαδόχους του. Το όνομα άλλαξε ξανά σε «Πόλη του Κονγκό» (Mbanza Kongo) μετά την ανεξαρτησία της Ανγκόλας το 1975.

Όταν οι Πορτογάλοι έφτασαν στο Κονγκό, το Εμπάνζα Κόνγκο ήταν ήδη μεγάλη πόλη, ίσως η μεγαλύτερη στην υπο-ισημερινή Αφρική, και μια επιστολή από τον Πορτογάλο πρέσβη στη Λισαβόνα συνέκρινε το μέγεθος της πόλης (μέσα στα εσωτερικά τείχη) με την πορτογαλική πόλη Έβορα.[2] Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Αλφόνσο Α΄ του Κονγκό, κατασκευάστηκαν πέτρινα κτίρια, συμπεριλαμβανομένου ενός παλατιού και αρκετών εκκλησιών. Η πόλη μεγάλωσε ουσιαστικά καθώς το βασίλειο του Κονγκό επεκτάθηκε και ένα εκκλησιαστικό έγγραφο της δεκαετίας του 1630 ανέφερε ότι 4.000-5.000 βαπτίσεις πραγματοποιήθηκαν στην πόλη και στη γύρω ενδοχώρα της (πιθανώς οι κοιλάδες που την περιβάλλουν), με βάση την οποία υπολογίστηκε συνολικός πληθυσμός 100.000 ατόμων. Από αυτούς, ίσως 30.000 ζούσαν στο βουνό και οι υπόλοιποι στις κοιλάδες γύρω από την πόλη. Μεταξύ των σημαντικών κτιρίων του ήταν περίπου δώδεκα εκκλησίες, συμπεριλαμβανομένου του Σάο Σαλβαντόρ, καθώς και ιδιωτικά παρεκκλήσια και αγορευτήρια και ένα εντυπωσιακό διώροφο βασιλικό παλάτι, το μοναδικό κτίριο αυτού του είδους σε όλο το Κονγκό, σύμφωνα με τον επισκέπτη Τζιοβάνι ντα Ρόμα (1648).

Η πόλη λεηλατήθηκε πολλές φορές κατά τη διάρκεια των εμφύλιων πολέμων που ακολούθησαν τη Μάχη της Αμπουίλα (ή Ουλάνγκα) το 1665 και εγκαταλείφθηκε το 1678. Επανακαταλήφθηκε το 1705 από τους οπαδούς της Ντόνα Μπεατρίζ Κίμπα Βίτα και αποκαταστάθηκε ως πρωτεύουσα του Κονγκό από τον βασιλιά Πέντρο Δ΄ του Κονγκό το 1709. Δεν εγκαταλείφθηκε ξανά, αν και ο πληθυσμός της διακυμάνθηκε σημαντικά κατά τον 18ο και τον 19ο αιώνα.