Vor der Besiedlung durch Kolonisten lebte das Volk der Kawéskar in der Region. Um 1899 erforschte der deutsche Geograph Hans Steffen die Gegend. Die Grenze blieb lange umstritten, bis der britische König Eduard VII. die offizielle chilenisch-argentinische Grenze am 20. November 1902 festsetzte. Ab 1903 begannen die ersten Kolonisten die Gegend zu besiedeln. Die Besiedlung zerstörte viele waldreiche Gebiete. Das Dorf wurde offiziell am 20. September 1966 gegründet.

Vor dem Anschluss an die große Fernstraße Carretera Austral 1997 lebten relativ wenige Siedler in Villa O’Higgins. Der Ort ist momentan der südliche Endpunkt der Fernstraße.