Nachdem Dschingis Khan am 12. Juli 1227 in oder in der Nähe von Gansu gestorben war, sollen seine sterblichen Überreste in die zentrale Mongolei zurückgebracht und nach seinen persönlichen Anweisungen heimlich und ohne Kennzeichnung bestattet worden sein. Die tatsächliche Begräbnisstätte ist unbekannt, lag aber höchstwahrscheinlich nicht in Ejinhoro.[1] Nach seinem Tod entstand ein Kult um Dschingis Khan unter den Mongolen und sein Enkel Kublai Khan errichtete Tempel für den Kult seines Großvaters in Daidu und Shangdu.[2] Ein kaiserlicher Beamter unterhielt in Karakorum neun „Paläste“ für Rituale im Zusammenhang mit seinem Kult. Nach dem Fall der Yuan-Dynastie im Jahr 1368 wurden diese festen Bauten durch tragbare Mausoleen, die „acht weißen Jurten“, ersetzt, in denen die Reliquien von Dschingis Khan transportiert wurden, bestehend aus seinen persönlichen Gegenständen, einschließlich seines Sattels, Bogens und anderer Objekte.[3][4]

Das heutige Gebäude in Ordos wurde zwischen 1954 und 1956 von der Regierung der Volksrepublik China im traditionellen mongolischen Stil errichtet, der Schrein und zahlreiche Objekte des Mausoleums sind allerdings bedeutend älter. Die Reliquien des großen Khan wurden aus dem Kloster Kumbum Champa Ling in Qinghai wieder nach Ordos verbracht, welche während des Zweiten Weltkriegs aus Ordos evakuiert worden waren. Im Jahr 1968 zerstörten die Rotgardisten während der Kulturrevolution fast alles Wertvolle am Heiligtum. Die Gebäude selbst wurden im Rahmen der Vorbereitungen auf einen möglichen Krieg mit der Sowjetunion zehn Jahre lang in ein Salzlager verwandelt. Im Zuge der Reform- und Öffnungspolitik von Deng Xiaoping wurde die Stätte bis 1982 restauriert und als Stätte für „patriotische Erziehung“ gefördert.[5] Es wurden Repliken der früheren Reliquien angefertigt, und 1989 wurde eine große Marmorstatue von Dschingis fertiggestellt. In den 2000er Jahren wurde die Stätte renoviert und erweitert. Nahe Häuser, Geschäfte und Hotels wurden aus dem Bereich des Mausoleums in einen 3 km entfernten Bereich verlegt und durch neue Gebäude im gleichen Stil wie das Mausoleum ersetzt.[6]