Die schriftlich dokumentierte Geschichte Heligans reicht zurück bis ins 12. Jahrhundert. Zweimal wechselte das Anwesen den Besitzer, bis es in der Tudorzeit in den Besitz der Familie Tremayne kam, die es über 400 Jahre lang bewirtschaften ließ. Zwischen 1780 und 1790 ließ Henry Hawkins Tremayne die Gärten so gestalten, wie sie heute wieder zu sehen sind. Im 19. Jahrhundert, als der Garten seine Blütezeit erlebte, arbeiteten zeitweilig 22 Gärtner auf dem Gut.

Im Ersten Weltkrieg begann der Niedergang Heligans. Die Gärtner waren im Krieg, und Jack Tremayne stellte das Haus der britischen Armee als Erholungsheim für Offiziere zur Verfügung. Als die Tremaynes das Anwesen 1919 zurückerhielten, konnten oder wollten sie das zum Unterhalt Heligans nötige Personal nicht mehr bezahlen. Das Haus wurde an Freunde der Familie vermietet, die den Garten aber nicht instand hielten – Heligan verwilderte zusehends. Jack Tremayne zog nach Italien, wo er 1923 für 10.000 Pfund Boccanegra, einen Besitz von Ellen Willmott in Ventimiglia erwarb[1]. Im Zweiten Weltkrieg übernahmen die Militärs Heligan erneut, die US-Amerikaner übten hier für die Landung in der Normandie. 1970 verkauften die Tremaynes das Haus, das Anwesen selbst blieb im Besitz der Familie.

John Willis, ein Nachkomme der Familie Tremayne, erbte Heligan im Jahr 1990 zusammen mit seiner Schwester.[2] Der 1987 nach Cornwall gezogene Archäologe Tim Smit und sein Freund John Nelson lernten Willis und Heligan 1990 zufällig kennen. Zusammen begannen sie 1991 mit einer Gruppe von Gartenbauspezialisten und vielen Helfern, Heligan wieder in den Zustand der viktorianischen Zeit zu versetzen. Heligan wurde 1999 in Großbritannien zum Garten des Jahres gewählt. Seit 1998 ist Heligan mit über 300.000 Besuchern im Jahr der meistbesuchte Garten Englands und in einer strukturschwachen Region ein bedeutender Arbeitgeber und Wirtschaftsfaktor.