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Die Moschee wurde ca. in den Jahren 743 bis 744 gebaut, wie sich aus Arabischen Inschriften auf der Fassade der Moschee ergibt, die das Jahr 126 im islamischen Kalender angeben.[1] Ebenso begann in diesem Zeitraum der Bau von vielen Moscheen in Aserbaidschan. Die Bauzeit der Moschee geht auf die Regierungszeit des Vikars vom Kalifat im Kaukasus und Dagestan, des arabischen Befehlshabers Maslam ibn Abd-al Melik, Bruder des umayyadischen Kalifen Walil I. (705–715), zurück, der Şamaxı als Bauort wählte.

Die Moschee wurde durch Schlachten und Erdbeben beschädigt. Ein Beispiel davon war bei den Georgisch-Seldschukischen Kriegen, als im Jahre 1123 der Herrscher der Schirwanschah zum seldschukischen Sultan Mahmud floh, um sich vor den Georgiern zu schützen: „die Angreifer zerstörten die Moschee, rissen das Minarett nieder und plünderten die Stadt“.

Sanierungen an der Moschee begannen im 12. Jahrhundert aufgrund des Schadens in den vorangegangenen Jahrzehnten. Sie wurden vom Schirwanschah-Herrscher Mənuçehr III. durchgeführt. Die zweiten Sanierungen der Moschee begannen laut Evliya Çelebi im 17. Jahrhundert im Safawidenreich. Laut ihm unternahmen die Safawiden Sanierungen bei der größten Moschee von Şamaxı.

Nach dem stärksten Erdbeben in Şamaxı, welches der Moschee sehr viel Schaden hinzufügte, begannen weitere große Sanierungen der Moschee. Sie sollten von Zivər bəy Əhmədbəyov geführt zu werden, zu der Zeit einer der populärsten Architekte in Aserbaidschan. Nachdem man aber ihm nicht erlaubte, das Äußere der Moschee beizubehalten, verließ er das Sanierungsteam, woraufhin Józef Plośko der Architekt wurde.[2]

Im Dezember 2009 wurde eine Regierungsanordnung zur Sanierung der Moschee erlassen.[3]