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Das Gebiet wurde durch eine russische Expedition 1644 erforscht, bald darauf ließen sich die ersten Siedler hier nieder. 1898 erreichte die Transsibirische Eisenbahn das Gebiet und sorgte für eine weitere Bevölkerungszunahme.

Als Ansiedlungsgebiet für Juden wurde der bisherige Biro-Bidschaner Rajon zuzüglich einiger umliegender Gebiete am 28. März 1928 im Bestand des Fernöstlichen Krai der Russischen SFSR gebildet. Am 20. August 1930 wurde er in Biro-Bidschaner Nationalrajon und am 7. Mai 1934 in Jüdische Nationale Oblast umbenannt. Mit der sowjetischen Verfassung von 1936 gab es eine erneute Namensänderung in Jüdische Autonome Oblast. Nach Auflösung des Fernöstlichen Krai war diese ab 20. Oktober 1938 im Bestand des Krai Chabarowsk. Die erste jüdische Siedlung war Waldheim. Die Grundidee Stalins bei der Gründung war, dem westlichen Zionismus und der Abwanderung nach Palästina entgegenzuwirken und ein „sowjetisches Zion“ mit Jiddisch als Amtssprache zu errichten. Es ging dem Staat und der Partei aber nicht um die Erfüllung jüdischer Träume von einer Heimstatt. Vielmehr war ein Ziel, weitere jüdische landwirtschaftliche Siedlungen in der Ukraine und auf der Krim (vgl.: Komzet) zu verhindern, da diese auf eine judenfeindliche Stimmung in der ortsansässigen Bevölkerung stießen. Außerdem sollte die Autonome Oblast so etwas wie eine Pufferzone gegenüber einer befürchteten chinesischen oder japanischen Expansion bilden. Nicht zuletzt erhofften sich die Machthaber eine Ausbeutung der natürlichen Ressourcen wie Eisen, Holz, Zinn bis hin zu Gold. In der Sowjetunion wurde für den Plan unter der jüdischen Bevölkerung mit einem erheblichen Propagandaaufwand geworben. Faktisch trug das „pragmatische“ und „defensive“ Projekt zur Stärkung der jüdischen Identität in der Sowjetunion bei und stärkte auch den jüdischen Nationalismus.[1] Der Vorsitzende des Allrussischen zentralen Exekutivkomitees der Sowjets Michail Kalinin meinte zu diesem Gebiet: „Birobidschan betrachten wir als einen jüdischen nationalen Staat.“

Die Planungen sahen vor, in der Region bis 1937 etwa 150.000 Juden anzusiedeln. Bei jüdischen Kommunisten im Ausland löste das Projekt anfangs Begeisterung aus. Otto Heller von der Kommunistischen Partei Österreichs schrieb, „Die Juden sind in die sibirischen Wälder gezogen, wenn man sie nach Palästina fragt, lachen sie nur. […] Diese Siedler begründen in der sibirischen Taiga nicht nur eine Heimstätte für sich selbst, sondern für Millionen Angehörige ihres Volkes.“ Selbst jüdische Antikommunisten wie Chaim Schitlowsky zeigten sich beeindruckt. Man glaubte, Birobidschan würde zu einer Republik und zu einem Zentrum einer jüdisch-sozialistischen Kultur. Trotz des rauen Klimas zogen zunächst tausende Juden in das Gebiet.[2] Von den späten 1920er bis in die Mitte der 1930er Jahre kamen auch ausländische Siedler in die Region. Viele von ihnen hatten russische Wurzeln und hatten sich in Europa oder Amerika nicht eingewöhnen können. Neben Einwanderern aus Litauen kamen auch solche aus den USA und Argentinien. Die meisten Neusiedler kehrten allerdings oft nach nur wenigen Monaten wieder enttäuscht von den miserablen Lebensbedingungen in ihre Heimat zurück.

Die Besiedlung stoppte jedoch bereits Mitte der 1930er Jahre, als im Zuge der Stalinschen Säuberungen viele Juden umgebracht und jiddische Schulen geschlossen wurden. Nach dem Zweiten Weltkrieg bekam die Idee eines jüdischen Territoriums erneut Aufwind, und der Anteil der Juden erreichte mit rund einem Drittel seinen Höhepunkt. Danach wurde die jüdische Ansiedlung aber nie mehr forciert. Während Stalins Säuberungen wurden mehrere Politiker und Schriftsteller der Region festgenommen.

Seit der Verfassungsänderung der Russischen SFSR vom 15. Dezember 1990 ist die Autonome Oblast nicht mehr der Region Chabarowsk unterstellt, sondern ein selbstständiges Subjekt der RSFSR bzw. der Russischen Föderation. Es gab allerdings Bestrebungen, sie wieder mit der Region Chabarowsk zu vereinigen.[3][4]

Bei der Schaffung der Föderationskreise am 13. Mai 2000 wurde die Autonome Oblast dem Föderationskreis Ferner Osten zugeordnet.[3]