Erhaltenes Stadttor aus der Ming-Zeit

Die Landschaft um Guilin entstand, als vor 200 Millionen Jahren das Urmittelmeer durch tektonische Erhebung des Meeresbodens zurückwich und die übrigbleibenden Berge langsam erodierten.

Die Geschichte Guilins lässt sich etwa 2.100 Jahre zurückverfolgen. In den Quellen wird die Region zum ersten Mal in der Qin-Dynastie erwähnt. Um den Nachschub der Truppen zu gewährleisten, ließ Qin Shihuangdi einen Kanal vom Jangtsekiang in die Gegend von Guilin bauen. Der 34 Kilometer lange Lingqu-Kanal verband den Xiang-Fluss mit dem Li-Fluss.

Eine Verwaltungseinheit an der Stelle des heutigen Guilin wird zum ersten Mal im Jahr 111 v. Chr. (Jahr 6 der Herrschaft des Kaisers Wu der Han-Dynastie) erwähnt, damals als Landkreis Shi.

Von der Song- bis zur Qing-Dynastie war Guilin das kulturelle Zentrum von Guangxi.

Nach der Niederwerfung der Ming durch die Mandschu ließ sich der Ming-Prätendent Zhu Youlang (朱由榔) als Yongli-Kaiser (永曆, Kaiser der immerwährenden Erfahrung) der südlichen Ming-Dynastie in Guilin nieder, bevor er mit seinem Hofstaat nach Burma floh.

1914 wurde der Sitz der Provinzregierung von Guilin nach Nanning verlegt. 1936 zog sich die Kuomintang-regierung der Republik China unter Chiang Kai-shek nach der Eroberung von Nanjing durch das Kaiserreich Japan nach Guilin zurück. Bis zum Jahre 1938 war die Stadt Regierungssitz Chinas. Die Bevölkerung schwoll auf ca. eine Million Einwohner an. 1938 zog die Regierung auf der Flucht vor den japanischen Truppen in das weiter nordwestlich gelegene Chongqing um. 1944 konnten die Japaner Guilin erobern, nachdem durch Bombardierungen die alte Bausubstanz fast vollständig zerstört worden war.