Die Stadt Garachico mit ihrem Hafen wurde unmittelbar nach der Eroberung Teneriffas 1496 vom Genueser Bankier Cristóbal de Ponte (1447–1531) gegründet. Erste wirtschaftliche Grundlage Garachicos war Zuckerrohr und seine Verarbeitung.

1520 wurde mit dem Bau der Iglesia de Santa Ana, als Hauptkirche, begonnen. In einem Anbau der Kirche befindet sich heute ein kleines Museum mit sakralen Objekten. Im 16. und 17. Jahrhundert entwickelte sich Garachico zum wichtigsten Hafen der Insel, zu dessen Sicherung gegen u. a. englische Freibeuter 1575 die heute noch intakte Hafenfestung das Castillo de San Miguel errichtet wurde. Wesentlich für die damalige Geschäftigkeit war der Export des Malvasia-Weins insbesondere nach England. Der Wohlstand aus dem Handel jener Epoche erlaubte großzügige Stiftungen; im 18. Jahrhundert existierten fünf Klostergemeinschaften.

1645 war das erste Schicksalsjahr in einer Folge von Katastrophen, als durch eine gewaltige Sturmflut ca. 80 Menschen getötet und 40 Schiffe versenkt wurden. Für Handel und Wohlstand wirkten sich auch die Unruhen von 1666 negativ aus, als gegen die englischen Kaufleute aufgebrachte Einheimische die im Hafen von Garachico zur Verschiffung bereitstehenden Weinfässer zerschlugen. 1697 wütete eine Feuersbrunst in der Stadt und zerstörte über hundert Häuser.

Das Ende Garachicos als Handelszentrum kam aber am 5. Mai 1706 mit dem Ausbruch des oberhalb des Ortes gelegenen Montaña Negra (Volcán Garachico), in dessen Verlauf die Lavamassen den Hafen Garachicos zum größten Teil verschütteten. Allein die Kirche und das Kloster San Francisco aus dem 16. Jahrhundert, die ältesten Gebäude des Ortes, an der Plaza Glorieta de San Francisco, wurden von den Lavamassen verschont. Danach zogen die Händler nach Puerto de la Orotava, dem heutigen Puerto de la Cruz. Viele Einwohner verarmten und wanderten in die damaligen spanischen Kolonien jenseits des Ozeans aus.

Ein neuer, kleiner, aber moderner Hafen für Fischerei und Privatboote ist seit 2012 in Betrieb. Dieser wurde auf der Meerseite durch eine große Mole geschützt.

Im Jahr 2021 wurde Garachico in die offizielle Liste der schönsten Dörfer Spaniens (Pueblos más Bonitos de España) aufgenommen.[1]