Die Besiedlung der Gesellschaftsinseln erfolgte nach neueren Erkenntnissen relativ früh im Rahmen der polynesischen Expansion, um 200 v. Chr., ausgehend von Samoa und Tonga und etwa gleichzeitig mit der Besiedlung der Marquesas. Zusammen mit den Marquesas bildeten sie das polynesische Kernland und damit das Sprungbrett zur Besiedlung von Hawaii, Neuseeland, der Gambierinseln und möglicherweise der Osterinsel.[1]

Auf Bora Bora bildete sich – wie auf den übrigen Gesellschaftsinseln auch – eine stratifizierte Stammesgesellschaft heraus, die in acht Distrikte zerfiel, die Ursache für ständige Rivalitäten und Kriege der Stämme untereinander. Die acht Stämme waren (im Uhrzeigersinn von Nord nach Süd): Hitiaa, Tipoto, Anau, Atitia, Amanahune (Faʻanui), Nunue und Tevaitapu auf der Hauptinsel sowie Ativahia auf dem großen Motu Tooupua im Westen. Davon sind als heutige politische Gliederung noch die drei Teilgemeinden (Communes associées) Anau, Faʻanui und Nunue verblieben.

Äußeres Zeichen für eine sehr kriegerische Gesellschaft sind zwei Festungen auf dem Pahia, deren Reste noch heute sichtbar sind. Sie bestanden aus einem ausgeklügelten System von Erd- und Steinwällen, Gräben und Plattformen. Der Missionar und Forschungsreisende Daniel Tyerman beschreibt die in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts noch intakten Anlagen:[2]

Von den polynesischen Ureinwohnern Bora Boras sind heute noch zahlreiche Relikte erhalten: Überreste von 13 Zeremonialplattformen (Marae) – einst waren es mehr als vierzig – und viele Petroglyphen, die allerdings meist im unzugänglichen Gebüsch versteckt sind.[3] Die am besten erhaltene Zeremonialstätte ist der Marae Fare Opu in der Faʻanui Bay, direkt am Strand gelegen. Durch das Areal führt heute die Autostraße, sodass der Überblick über den recht großen Platz verloren ging. Die Anlage bestand einst aus einer rechteckigen, geebneten und mit Steinen begrenzten Fläche sowie einer steinernen Plattform. Die rechteckige Plattform ist mit mehr als 1 m hohen Kalksteinplatten eingefasst und mit Erde aufgefüllt. Zwei der Platten an der Nordseite tragen Steinritzungen mit Schildkrötenmotiven.

Der erste Europäer, der Bora Bora sah, war wahrscheinlich James Cook, der nach der Beobachtung des Venustransits während seiner ersten Reise 1769 zwischen den Gesellschaftsinseln kreuzte.[4] Am 29. Juli 1769 näherte sich die Endeavour der Insel – Cook nannte sie „Bolabola“ – bis auf 2 bis 3 Meilen. Wegen widriger Winde musste er jedoch abdrehen. Auch am folgenden Tag erreichte er die Insel nicht und umfuhr nur ihre Südspitze außerhalb des Saumriffs, bevor das Schiff mit Westkurs nach Maupiti segelte. Cook betrat Bora Bora erst 1777 während seiner dritten Reise.[5]

Andere Quellen bezeichnen als Entdecker den Briten Samuel Wallis, der während seiner Weltumsegelung 1767 die Gruppe der Gesellschaftsinseln durchquerte. Von Tahiti segelte er am 26. Juli 1767 ab, an Moorea, Maiao, Mopelia und Manuae vorbei in den Tonga-Archipel. Es ist zweifelhaft, ob er dabei Bora Bora berührte, seine Aufzeichnungen lassen keinen eindeutigen Schluss zu. Betreten hat er die Insel nicht.[6]

Ob der Niederländer Jakob Roggeveen während seiner Weltumseglung Bora Bora 1722 gesehen hat, wie einige Autoren vermuten,[7] ist unklar. Weder seine Aufzeichnungen[8] noch der Reisebericht von Carl Friedrich Behrens[9] lassen dies eindeutig erkennen. Wahrscheinlich fuhr Roggeveen nördlich an den Gesellschaftsinseln vorbei.

Am 2. April 1768 erreichte der französische Entdecker Louis Antoine de Bougainville Tahiti, nahm die Gesellschaftsinseln für Frankreich in Besitz und begründete damit das heutige Französisch-Polynesien.

Dieser Schritt hatte zunächst jedoch keine Folgen, denn bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts gehörte Bora Bora – wie die übrigen Gesellschaftsinseln auch – weiterhin zum Einflussbereich der Königsdynastie Pomaré von Tahiti. Nachdem bereits Königin Pomaré Vahine IV. von Tahiti den Forderungen des aus Frankreich entsandten Konteradmirals Abel Aubert Dupetit-Thouars nachgeben und das französische Protektorat über ihren Herrschaftsbereich anerkennen musste, verzichtete ihr Sohn und Nachfolger Arijane, der als Pomaré V. nur noch eine Scheinregierung führte, 1880 auf jeglichen Thronanspruch. Als Folge wurden die Gesellschaftsinseln von Frankreich annektiert und französische Kolonie.

Im Zweiten Weltkrieg wurde Bora Bora nach dem Angriff auf Pearl Harbor am 7. Dezember 1941 eine wichtige Versorgungsbasis der USA im Südpazifik. Unter dem Codenamen „Operation Bobcat“ fuhr am 27. Januar 1942 eine Flotte von sechs Truppentransportern und Versorgungsschiffen der US Navy von Charleston (South Carolina) ab und landete am 17. Februar 1942 insgesamt 4400 Soldaten, darunter ein Pionierbataillon und ein Flugabwehrregiment, auf Bora Bora an. Das Entladen der mitgeführten Ausrüstung dauerte 52 Tage, da keinerlei Be- und Entladeeinrichtungen auf der Insel zur Verfügung standen und erst gebaut werden mussten.[10] Das US-amerikanische Militär errichtete ein Tanklager, eine Landebahn und eine Basis für Wasserflugzeuge. Mehrere strategisch wichtige Bereiche sicherte man mit Küstenbatterien und Flugabwehrkanonen. Die verrosteten Kanonen kann man zum Teil heute noch sehen. Die US-amerikanische Basis wurde während des Krieges jedoch nicht angegriffen und 1946 aufgegeben.