Lovecko-sběračské skupiny jsou v okolí dnešní Bogoty doloženy z období 12 000 let př. n. l. (archeologická naleziště El Abra a Tequendama). V nalezišti San Jacinto byla nalezena keramika, jde o nejstarší keramiku v celé Americe, pochází z období 5 000–4 000 př. n. l.[1] Krátce poté se předpokládá přechod k zemědělské kultuře. Od 1. tisíciletí začínají odborníci rozlišovat jednotlivé indiánské kultury. Nejvýznamnější z nich byly Muisca a Tairona, které tvořili Čibčové. Dále to byly kultury Quimbaya, Tierradentro a San Agustín. Těžily a zpracovávaly kovy. Na vrcholu mocenské pyramidy těchto společností stáli náčelníci zvaní kasikové. Nejrozvinutější mocenský systém vyvinuli Čibčové, kteří sídlili v oblasti Boyacá a Cundinamarca, a kteří dokonce vytvořili nadkmenovou konfederaci (tzv. Konfederace Muizca), jež bývá obvykle označována za nejpokročilejší v domorodé Americe, hned po říši Inků. O velikosti indiánské populace v Kolumbii v době příchodu Španělů se vedou spory, odhady se pohybují mezi 1,6 až 7 miliony. Čibčové vyráběli předměty ze zlata, které se později staly velkým lákadlem pro kolonisty. V San Agustínu po sobě indiáni zanechali pozoruhodnou nekropoli.

První Španělé se na tomto území usadili roku 1514. Po založení měst Santa Marta (1525) a Cartagena (1533) bylo pobřeží pevně ve španělských rukou a započala kolonizace vnitrozemí. Conquistador Gonzalo Jiménez de Quesada, který byl puzen vidinou bájného Eldoráda, při tažení k jihu kolonizoval rozlehlou oblast podél řeky Magdalena, porazil mocný indiánský kmen Čibčů a roku 1538 založil město Bogotu (Santa Fé de Bogotá), nazval celou oblast El nuevo reino de Granada (Nové granadské království – podle maurského granadského království v jižním Španělsku, dobytého roku 1492).[2]

V Bogotě byla v letech 1548–1549 zřízena audiencie (soudní a poradní dvůr) a od roku 1564 úřad guvernéra, podléhajícího místokráli v Limě. Protože cestování mezi oběma městy bylo zdlouhavé, došlo roku 1717 k vyčlenění nového místokrálovství Nová Granada z dosavadního místokrálovství Peru. Místokrálovství představovala nejvyšší územní jednotku španělské správy v Americe. Původně byla jen dvě – Nové Španělsko se sídlem v Mexiku (Severní a Střední Amerika a karibské ostrovy) a Peru (Jižní Amerika a Panama) se sídlem v Limě. Nyní se Nová Granada stala třetím a později (1776) přibylo ještě čtvrté místokrálovství La Plata se sídlem v Buenos Aires (Argentina, Uruguay, Paraguay a Bolívie).

Od konce 18. století se v Kolumbii odehrávala častá protišpanělská povstání. Vyvrcholením byla bitva u Boyacá (1819), ve které Simón Bolívar dokázal porazit španělské oddíly.[3] V roce 1821 byl jmenován prezidentem nově vzniklé Velké Kolumbie (dnešní Kolumbie, Venezuela, Panama, od 1822 Ekvádor). Ta se roku 1830 opět rozpadla na Novou Granadu (Kolumbie, Panama), Venezuelu a Ekvádor. V roce 1903 byla na popud USA odtržena Panama (kvůli stavbě průplavu).[4]

Od konce 19. století probíhají v zemi četné boje mezi konzervativci a liberály nebo levicovými radikály. Ty vyústily v guerillovou a občanskou válku. V 60. letech 20. století vznikají levicově orientované gardy: Revoluční ozbrojené síly Kolumbie (FARC) a o něco umírněnější Národní osvobozenecká armáda (ELN). Proti nim stojí vedle kolumbijské armády pravicová paramilitární organizace Spojená sebeobrana Kolumbie (AUC), která vznikla až v roce 1997. Mezi jejich praktiky patří mimo jiné únosy civilistů nebo dokonce jejich zabíjení. Vláda se od té doby otevřeně hlásí k boji proti rebelům (a její úsilí poslední dobou začíná mít první výsledky) a též k boji s drogami (drogové kartely z Cali a Medellínský kartel nechvalně známého Pablo Escobara vzkvétaly od 70. let do první poloviny 90. let 20. století, kdy byly rozprášeny[5]). Občanská válka v Kolumbii si do roku 2012 vyžádala na 220 tisíc obětí a více než 5 milionů Kolumbijců muselo opustit své domovy.[6]