Klášter byl založenokolo roku 1257 Šimonem Athonitem, který byl později svatořečen pravoslavnou církví jako svatý Šimon Nositel myrhy.[1] Tradice tvrdí, že Simon, když přebýval v nedaleké jeskyni, měl vizi, kde mu bohorodička nařídila, aby postavil klášter na vrcholu skály, a slíbila, že ho bude chránit. Šimon nazval klášter „Nový Betlém“ (řecky: Νέα Βηθλεέμ). Dodnes je zasvěcen Narození Ježíše, ale časem převážilo pojmenování po zakladateli - Simonopetra lze přeložit jako "Šimonova skála". V roce 1364 financoval srbský despota Jovan Uglješa renovaci a rozšíření kláštera a v roce 1368 pro něj vydal královskou zlatou bulu. Ruský poutník Izajáš koncem 15. století tvrdil, že klášter je bulharský. V roce 1567 byla dokončena arsanas (přístavní budova). V roce 1581 byla Simonopetra zničena požárem, při kterém zemřela velká část mnichů. Opat kláštera Evgenios pak odjel do Dunajských knížectví v naději, že získá finanční prostředky na opravu. Nejvýznamnějším donátorem byl valašský kníže Michal Chrabrý, který klášteru daroval mnoho pozemků a také peníze. Klášter vyhořel znovu v roce 1626. Poslední velký požár přišel v roce 1891. Po něm byl klášter přestavěn do dnešní podoby. V polovině 20. století byl klášter již téměř opuštěn, současné bratrstvo ho osídlilo v roce 1973, když přišlo z kláštera Meteora. Pěvecký sbor kláštera si získal dobrou pověst mezi fanoušky byzantské hudby.