La llengua de l'illa és el socotrí, d'origen semític, però prop de la llengua d'Aràbia del sud i especialment del mahrí.

El nom de l'illa podria derivar del sànscrit Dvida Sukhadara, que voldria dir quelcom com 'illa de la felicitat' o 'illa feliç'. Fou visitada pels egipcis que comerciaven amb el Punt; un país esmentat com Iskudurus a la llista de territoris conquerits per Darios I el Gran de Pèrsia ha estat identificat amb l'illa, fet que cal considerar dubtós.

Dioscoridis Insula fou el seu nom romà, i en aquell temps fou un empori comercial situat entre el Syagrus Promontorium (cap Fartash, a la península Aràbiga) i Aromata Promontorium (cap Guardafui, a Somàlia). En aquell temps era gairebé deserta i als seus rius hi havia cocodrils; hi havia també moltes serps (escurçons) i uns lluerts molts grans que es caçaven i es menjaven i el seu greix desfet es feia servir en lloc d'oli. Produïa una mica de vi, però no gra. Els pocs habitants vivien a la part nord, i eren una barreja d'àrabs, indis i grecs. Produïa una gran tortuga amb una closca molt apreciada per la seva grossària i duresa, i de la qual es feien caixes i tauletes i altres estris. Produïa també el tint vegetal anomenat indi o sang del drac. Pertanyia al rei del país de l'encens d'Aràbia, que hi tenia una guarnició i l'explotava per motius econòmics. Plini el Vell diu que era banyada pel mar d'Azània. Ja apareix com a dependència de l'Hadramaut abans de l'època islàmica en inscripcions trobades a l'Hadramaut (és anomenada skdr). La tradició local diu que els habitants foren convertits al cristianisme per sant Tomàs l'any 52. Fins al segle x fou lloc de refugi dels pirates del Kutč i Gujarat. Marco Polo diu que en alta mar, a la seva rodalia, es caçaven balenes. Fou esmentada pels geògrafs àrabs: Al-Idrisi (segle xii), Yakut (abans del 1229), Al-Kazwini (abans del 1283), Al-Baghdadi (abans del 1338) i Al-Hamdani (abans del 1538) i coincideixen en l'arrel grega dels habitants i que eren "àrabs cristians".

L'illa fou conquerida per Alfonso de Albuquerque al 1507, però els portuguesos no s'hi van estar gaire temps i ja no hi restaven cristians, però sí algunes creus. En aquell temps l'illa obeïa l'imam de Mascat, però després de la sortida dels portuguesos va passar a dependre del soldà mahra de Kishn, l'Hadramaut oriental (1511). El 1542 sant Francesc Xavier va visitar l'illa i va trobar-hi un grup de gent que deia ser descendent dels conversos per sant Tomàs. El seu aïllament fou una garantia de tranquil·litat per al soldà mahra.

Un acord entre els britànics i aquest soldà (soldà mahra de Kishn i Socotra) va permetre l'ocupació de l'illa per la Gran Bretanya al 1834, per un període de cinc anys, que es van anar prorrogant, mentre la Companyia britànica de l'Índia negociava la seva compra. El 1886 el soldà de Kishn i Socotra va acceptar el protectorat britànic, i Socotra fou incorporada al Protectorat d'Aden (no a la colònia d'Aden), que depenia del govern de l'Índia Britànica. El 1937 es va crear la colònia separada d'Aden, a la qual va ser transferida l'autoritat al protectorat. En aquesta època el soldà mahra residia temporalment a Hadibu i governava assistit per un wazir i els caps tribals i caps dels clans de pastors de l'illa. El 1940 es va construir un aeròdrom prop d'Hadibu, i el 1942 se'n va construir un de més gran a 4 km a l'oest de Khatub, a la costa nord. El 1967 el nou govern de la República Democràtica del Iemen del Sud va abolir els soldanats, i Socotra va passar a formar part del governadorat número VI; aviat l'aeròdrom va poder ser usat com a base per la Unió Soviètica durant tota la guerra freda, fins a finals dels anys vuitanta. Després de la unió dels dos Iemen, el 1990, el governadorat es va dir Mahra. El 1999, un nou aeroport la va treure de l'aïllament. Simultàniament, un programa de desenvolupament de l'ONU es va iniciar per assegurar la supervivència de l'illa i la preservació del seu entorn.

L'any 2008 la Unesco va reconèixer l'illa com a Patrimoni Natural de la Humanitat.[1]