La localitat apareix en un escrit per primera vegada en el document anomenat Hundabrævið, un codi legal del segle xiv que pretenia regular la tinença de gossos a l'arxipèlag.[1] Sembla que el lloc es va despoblar a l'edat mitjana a causa de la pesta negra. S'explica que només va sobreviure-hi una dona que posteriorment va reclamar tota la terra de Saksun a la reunió del Várting, el parlament local, a Kollafjørður. Se li va concedir justícia amb la condició que trobés un marit. Així ho va fer i va tornar a Saksun casada.[2]

Duvugardur és una granja que hi ha al poble que data d'abans del segle xvii. Encara s'utilitza com a granja i és, a més, una casa-museu on els visitants poden veure el mode de vida feroès de segles enrere. L'església de Saksun va ser construïda el 1858.[3]