L'expedició de Matthew Flinders va visitar el llac Hillier el 15 de gener del 1802. Les entrades del diari de Flinders es consideren els primers registres escrits del llac. Flinders va veure el llac rosa després de pujar al cim més alt de l'illa (ara anomenat Flinders Peak), i va descriure el llac així:[1]

A la part nord-est hi havia un petit llac de color rosa, l'aigua del qual, segons em va informar el senyor Thistle, que el va visitar, estava tan saturada de sal que en cristal·litzava prou prop de les vores com per carregar un vaixell. L'exemplar que va portar-ne a bord era de bona qualitat i no va necessitar cap altre procés que l'assecat per tal de ser apte per a ser usada.

Flinders va tornar a visitar Middle Island el maig del 1803 amb la intenció "d'aturar-se un o dos dies a Goose-Island Bay, amb l'objectiu d'aconseguir oques per als malalts, oli de foca per als llums i uns quants barrils de sal del llac de Middle Island". Es diu que Flinders va batejar el llac amb el nom de William Hillier, un membre de la tripulació del Investigator que va morir de disenteria el 20 de maig de 1803, abans de la sortida de l'expedició de Middle Island.[2][3]

El 1889,[4] Edward Andrews va investigar les possibilitats comercials de produir sal del llac Hillier, i es va traslladar breument a l'illa amb els seus dos fills.[5] En van marxar després de treballar els dipòsits de sal durant aproximadament un any.[4]

El llac va ser objecte d'extracció de sal durant el segle XIX. L'empresa minera va fer fallida per diverses raons, com ara "la toxicitat de la sal recollida per al consum".[3]