El 14 de juny de 1738, la camperola Maria Lory veié, el que ella va pensar eren llàgrimes, sortint d'una estàtua de fusta de Crist flagelat. Aquest miracle va generar un devessall de pelegrins que volien veure l'estàtua. El 1740, es va construir una petita capella, però aviat aquest edifici va resultar insuficient per a acomodar al nombre creixent de peregrins. El pròxim monestir de Steingaden va comissionar la construcció de la present església.

La construcció i decoració de l'església de Wies es va realitzar entre els anys 1745 i 1754 pels germans Dominikus i Johann Baptist Zimmermann, sota l'adreça de l'abat del monestir de Steingaden, Marinus Mayer. L'interior està decorat en un elaborat estil rococó, amb treball d'estuc de l'escola de Wessobrunner. La pintura de l'altar major va ser realitzada pel pintor de la cort de Múnich, Balthasar August Albrecht. Les figures dels grans teólegs d'Occident (Sant Jeroni, Sant Ambrosi, Sant Agustí i Sant Gregori Magne), són el treball de l'escultor tirolés, Anton Sturm. L'òrgan, reconstruït el 1957, està en la caixa original feta per Johann Georg Hörterich. La superfície aplanada de la cúpula està pintada amb un fresc Trompe-l'oeil. "Tot el possible es va fer a través de l'església, per a fer el sobrenatural visible. Escultures i murals es combinen per a revelar el diví en forma visible".

En el marc de la secularització dels béns de l'església per l'estat de Baviera als anys 1802 i 1803, l'església de Wies i els seus continguts, estaven destinats a ser subhastats i la resta demolida. L'oposició dels camperols locals va assolir salvar l'església i permetre que les peregrinacions continuessin.

Després de ser designada Patrimoni de la Humanitat el 1983, es va emprendre una restauració completa de l'església que va durar de 1985 a 1991 i que va costar 10,6 milions de marcs. Avui dia l'església és visitada per més d'un milió de visitants a l'any i és lloc de freqüents concerts musicals. L'església és la seu de la "Confraternitas Domini Nostri Flagellati" (Fraternitat del nostre Senyor Flagelat), dedicada a honrar el flagelamient de Crist, que té 350 membres entre clèrgues i laics.