Miagao va ser primer una visita o raval d'Oton fins a l'any 1580, Tigbauan fins a 1592, San Joaquín fins a 1703 i Guimbal fins a 1731.[1] Es va convertir en parròquia independent dels agustins l'any 1731 sota l'advocació de Sant Tomàs de Villanueva. Amb l'establiment de la parròquia, es van construir una església i un convent en una terra propera al mar, anomenada Ubos. El pare Fernando Camporredondo va servir com el primer rector de la ciutat a l'any 1734. Quan la ciutat experimentava freqüents invasions dels moros els anys 1741 i 1754, la ciutat anava a un lloc més segur. Aquí es va construir una nova església el 1787 a través de treballs forçats sota la supervisió de fra Francisco Gonzales, capellà rector i amb el governador espanyol Domingo Libo-on.[2] Va ser construïda sobre el punt més alt de la ciutat, per guardar-la dels invasors anomenats Tacas. Després de deu anys, la ciutat es va acabar l'any 1797. Es va dissenyar amb murs gruixuts per servir de protecció als invasors. Va resultar greument danyada durant la revolució filipina però després es va reconstruir. Va sofrir pel foc de l'any 1910, la Segona Guerra Mundial i el terratrèmol de Lady Caycay de l'any 1948.

L'església de Miagao actual és la tercera construïda des del seu establiment l'any 1731.[3] Per conservar l'església, va passar per una restauració l'any 1960 i acabada el 1962. Va ser declarada un santuari nacional per decret presidencial n.º 260 emès per l'anterior president Ferdinand Marcos.