Durant la major part de l'edat moderna, el delta del Danubi va estar en mans de l'Imperi Otomà. A mesura que el control otomà sobre els Balcans s'afluixava, l'Imperi austrohongarès i altres potències europees es van mobilitzar per impedir que el delta, igual que altres territoris otomans, caiguessin en mans de Rússia. El tractat de París (1856), que posava fi a la Guerra de Crimea, va establir que una comissió internacional (la Comissió Europea del Danubi) controlés el delta. Aquesta comissió va portar a terme una sèrie de treballs al delta i al curs baix del riu, de manera que la navegació pel riu des del mar Negre es va veure afavorida. Després del final de la Primera Guerra Mundial, el tractat de Versalles (1919) va confirmar la comissió internacional (al mateix temps que s'establia una altra comissió per a controlar el curs superior del Danubi).

Durant la Segona Guerra mundial, les comissions van ser abolides per l'Alemanya nazi, que va controlar tot el curs del riu des del 1940 fins al 1944. En acabar la Segona Guerra mundial, dos dels braços del Danubi van quedar sota control romanès i el braç nord sota control soviètic. Els soviètics abans van fer signar a un membre del Partit Comunista Romanès un document de dubtosa legalitat pel qual Romania cedia l'illa de les Serps a l'URSS. Actualment, hi ha un litigi obert per aquest enclavament entre Romania i Ucraïna.