Fes je na obali rijeke Jawhar osnovao Idris I 789. godine. Njegov sin Idris II proširio je naselje na drugu obalu rijeke. Ta dva naselja vremenom su postala dva odvojena grada, koji će tokom historije često biti i u sukobu. To su Madinat Fas i Al-’Aliya. Dalja doseljavanja sve više su ispoljavala razlike između dva susjedna naselja. Andalužani su se naseljavali u Madinat Fas, a Tunižani u Al-’Aliya. Ovi imigranti su i dali imena novonastalim gradovima, Adwat Al-Andalus i ‘Adwat al-Qarawiyyin. Nakon smrti Idrisa II, teritorija ove dinastije bila je podijeljena između dva sina. Starijem Muhammadu je pripao Fes. Tokom vladavine Muhammeda u gradu je 859. godine osnovana Al-Qarawiyyin Madrasa, najstariji fakultet na svijetu, a koji je i dalje u funkciji. Smatra se da je tokom vladavine dinastije Almohada Fes bio najveći grad na svijetu. njegov značaj kao obrazovnog centra bio je ogroman i u kršćanskom svijetu.

Grad je sredinom šesnaestog vijeka postao vazal Osmanskog Carstva, a 1579. godine i njegov sastavni dio. Grad je postao nezavisan tokom 1790., tokom vladavine Yazida, a kasnije tokom vladavine Abu´r-Rabi Sulaymana. Već 1795. Fes je vraćen Maroku.

Do 1912. godine Fes je ponovo bio glavni grad Maroka. Od 1912. prijestolnica Maroka postao je Rabat, i ta odluka nije promijenjena ni nakon sticanja nezavisnosti 1956. godine. Fes je danas grad u kome savršeno funkcioniše simbioza kulture i tradicije i modernog načina života. Takođe, ovo je veoma popularna destinacija na turističkoj mapi Maroka.[1]