В началото на 1920-те години няколко привърженици на европейското природоопазващо движение се борят за идеята за създаване на защитена местност в североизточната част на Белгийско Конго. Когато националният парк Алберт е основан през април 1925 г. като първият национален парк в Африка, той е възприеман като резерват, ориентиран към науката, с цел да се изучава и опазва дивата природа и туземните пигмейски ловци събирачи. През 1926 г. е предприета първата белгийска мисия за картографиране на националния парк, обхващайки 500 km2 около спящите вулкани Карисимби и Микено. Защитената област е разширена през 1929 г., вече обхващайки планините Вирунга и равнините южно от езерото Едуард. Първоначалната ѝ площ от 2920,98 km2 е постепенно увеличавана през следващите години.[1][2][3][4] Коренното население, най-вече племената хуту и тутси, губят правата си върху земите в процеса и са изгонвани от защитената област.[3][5]

През 1934 г. е основан Institut des Parcs Nationaux du Congo Belge („Институт на националните паркове на Белгийско Конго“) като управляващ орган на националните паркове в Белгийско Конго.[1] Между 1930-те години и 1961 г. са проведени няколко експедиции в националния парк от белгийски учени. Тяхната цел е изучаване и събиране на зоологически видове за Кралския музей за история на природата в Белгия,[6][7] изучаване на етническите групи в района,[8] изследване на вулканичната дейност[9] и търсене на вкаменелости.[10]

Към края на 1950-те години нахлуванията на местни пастири и добитъка им разрушават естествения хабитат в парка до височина 3000 m, застрашавайки хранителната основа на горилите в парка.[11] През 1960-те години са въведени реформи на законите за земята, след като страната извоюва независимостта си. Земята е обявена за собственост на държавата, но незаконният лов в защитените местности се увеличава.[5]

През 1969 г. двата национални парка в района са обединени под името Национален парк Вирунга, като през 1979 г. той е включен в списъка на световното културно и природно наследство на ЮНЕСКО.[12]

От началото на 1990-те години защитената зона е засегната от политическите размирици в региона на Големите африкански езера. След геноцида в Руанда хиляди бежанци се заселват в района на езеро Киву, а военното присъствие се засилва. Първата и Втората конгоанска война още повече дестабилизират региона. Противобракониерските патрули в парка са възпрепятствани, а персоналът на парка и животните на територията му са убивани.[13] Около 850 000 бежанци живеят около парка към 1994 г. До 40 000 души навлизат в парка ежедневно в търсене на дърва за огрев и храна, като в процеса се обезлесяват големи площи.[14] Същата година националният парк е вписан като застрашен.[13] През 1996 г. е вписан като Рамсарско място от международно значение.[12]

През 2005 г. Европейската комисия препоръчва публично-частно партньорство между правителството на страната и британската неправителствена организация „Virunga Foundation“. Тази организация е отговорна за управлението на парка от 2010 г., като около 80% от разходите се субсидират от Европейската комисия. През следващите години усилията за опазване на парка са милитаризирани, за да се попречи на въоръжените бунтовнически групи и бракониерите от действия вътре в парка.[15]

През 2011 г. британската компания Soco International получава концесия за добиване на петрол в покрайнините и в големи участъци от националния парк. Държавните служители одобряват добивната дейност, докато ръководството на парка се противопоставя. С покачването на напрежението, директорът на парка Еманюел дьо Мерод е нападнат през април 2014 г.[15] След множество международни протести компанията спира дейността си и се съгласява да не предприема подобни операции в близост до обекти на световното наследство.[16][17][18][19]

От началото на въоръжения конфликт 175 служители на парка са убити до април 2018 г.[20] През май 2018 г. са отвлечени двама туристи, които впоследствие са освободени невредими.[21] След това паркът затваря врати за обществеността от юни 2018 г. до февруари 2019 г.[22][23]