Карта от 1893 г. с нанесен остров Сокотра долу вляво.

Първоначално на Сокотра пребивава Олдувайска култура. Техни каменни сечива са намерени в района около Хадибо през 2008 г.[1]

Сокотра е обозначена като Диоскуриду (от Диоскури) в гръцката морска навигация от 1 век Перипъл на Еритрейското море.[2] Скорошни открития на текстове на няколко езика, включително и дървена дъска от 3 век, показват разнообразния произход на тези, които са използвали Сокотра като търговска база в античността.[3]

През 2001 г. група белгийски спелеолози проучват пещера на острова. Там намират голям брой надписи, рисунки и археологически обекти.[4] По-нататъшни изследвания показват, че тези са били оставени от моряци, посещавали острова между 1 век пр. Хр. и 6 век сл. Хр. Повечето от текстовете са написани на индийската писменост брахми, но има и надписи на други писмености и езици, като геез и бактрийски. Това тяло от близо 250 текста и рисунки представлява един от основните източници за изследване на мрежата на индийската океанска търговия през този период.[5]

Според местно вярване, населението приема християнството от Тома през 52 г. През 10 век арабският географ Абу Мухамад ал-Хасан ал-Хамдани съобщава, че по негово време повечето население е християнско. Сокотра също се споменава в Пътешествията на Марко Поло – Марко Поло не преминава близо до острова, но записва доклад, че „жителите са покръстени и имат архиепископ“, за когото е обяснено, че „няма нищо общо с папата, а е субект на архиепископ от Багдад“. Хората практикували и древни магически ритуали, въпреки заканите на архиепископа си.[6]

През 1507 г. португалски кораби, командвани от Трищан да Куня с Афонсу де Албукерке акостират в тогавашната столица Сук и превземат пристанището с битка. Тяхната цел е да установят база на стратегическо място по пътя към Индия и да освободят предполагаемо приятелските християни от ислямска власт. Строителството на крепост в Сук е започнато, но неплодородната земя води до глад и болести в гарнизона. Освен това, липсата на подходящо пристанище за зимуване води до загубата на много закотвени португалски кораби, най-важният от които е Санто Антонио – галеон под командването на капитан Мануел Паис да Вейга.[7] И така португалците изоставят острова четири години по-късно, тъй като не е благоприятен за база.[8]

Островите преминават под контрола на султаната Махра през 1511 г., а населението е ислямизирано.[9] Все пак, през 1737 г. капитан от френска морска експедиция на път за Моха намира християнски племена, живеещи във вътрешността на Сокотра, по време на 5-седмичен престой на острова.

В началото на 1880 г. първата изследователска британска експедиция, водена от професор Айзък Балфур, пристига на остров Сокотра. Учените имат за цел да изучат скалите, животните и растенията. Впоследствие Балфър издава книгата „Ботаника на Сокотра“.[10]