Макар за оазисът да е известно, че е населяван още от 10 хилядолетие пр.н.е., най-ранните доказателства за връзката му с Древен Египет е 26-а династия, когато е създаден некропол. Древногръцки заселници от Кирена откриват оазиса по същото време (7 хилядолетие пр.н.е.) и храма на Амон. Херодот научава за мястото като „фонтан на Слънцето“, чиито води са най-студени в жегата по пладне.[1] В хода на кампанията си за покоряване на Персийската империя, Александър Велики достига оазиса, като според сведенията е следвал птиците през пустинята, макар мотивите за екскурзията му да остават непроницаеми и оспорвани.[2] По време на Елинистическия Египет, древноегипетското име на оазиса е sḫ.t-ỉm3w, означаващо „поле с дървета“.[3]

Доказателствата за християнство в Сиуа са колебливи, но през 708 г. жителите на оазиса устояват на ислямско нашествие и не го приемат поне до 12 век. Намерен местен ръкопис споменава само седем семейства с общо 40 души, които обитават оазиса към 1203 г.

През 12 век Мохамед ал-Идриси споменава оазиса като населяван главно от бербери с арабско мнозинство – век преди ал-Бакри да заяви, че само бербери живеят там. Египетският историк ал-Макризи пътува до Сиуа през 15 век и описва как езикът говорен там е подобен на езика на берберските племена зенета.[4]

Първият европеец, посетил оазиса след римски времена, е английският пътшественик Уилям Джордж Браун, който пристига през 1792 г., за да види древния храм на Амон.[5]

Египетският суверенитет е потвърден в Сиуа от Мохамед Али паша през 1819 г. През пролетта на 1893 г. германският изследовател и фотограф Херман Бурхарт фотографира архитектурата на Сиуа, а днес снимките му се пазят в Етнологическия музей в Берлин.

Тъй като населението на Сиуа е берберско, демографски и културно оазисът е по-тясно свързан с Либия, която има голямо берберско население, отколкото с Египет, къдет берберите са незначителна част от населението. Освен това, арабското управление от далечно Кайро е слабо и белязано от няколко бунта. Египет започва да прилага по-твърд контрол над оазиса след визита през 1928 г. на Фуад I, който смъмря местното население за „определен грях“ и уточнява наказанията, които си прилагат в случай че сиуанците престъпят египетския морал.

Сиуа е сцена някои сражения през Първата и Втората световна война. При него е базирана разузнавателна група на Британската армия, но Африканският корпус на Ромел завладява района три пъти. Германските войници се къпят голи в езерото на оракула в разрез с местните обичаи, които забраняват публичната голота.[6] През 1942 г., докато италианската 136-а пехотна дивизия е окупирала оазиса, е установено малко египетско марионетно правителство в Сиуа.

Древната крепост на Сиуа, Шали Гади, е построена върху естествена скала от сол, кал и палмови дънери.[5] След като повредена от три дни проливен дъжд през 1926 г.,[7] тя е изоставена в полза на подобни неподсигурени постройки в ниското, някои от които по-късно се укрепени с шлакови блокове и ламаринени покриви. Само една сграда от комплекса Шали е поправена и все още се използва – джамията. Постепенно разяждан от редките дъждове, Шали остава характерна черта на оазиса със своите пет етажа над съвременното селище и осветяван нощем от прожектори. Много от неукрепените сгради, граничещи с улиците на Шали, са разцепени от големи пукнатини или са частично срутени.

През 2007 г. в Сиуа се намерени отпечатъци от човешки стъпала, чиято възраст е оценявана на около 3 милиона години.[8][9]