През 6 и 7 век Мон Сен Мишел се използва като крепост на римско-британската култура и власт, до превземането му от франките. Според легендата Архангел Михаил се е явил на Св. Обер, епископ на Авранш през 708 г. и му е дал наставление да построи църква на скалистия остров. Обер пренебрегва наставлението докато архангелът продупчва черепа му с пръст. През 709 г. започва да се строи и селото около абатството. През 933 г. островът е анексиран заедно с Котантенския полуостров от херцог Гийом I Нормандски. През 1067 г. манастирът Мон Сен Мишел дава подкрепата си на Уилям Завоевателя. В резултат на това манастирът получава земи и имоти в Англия, а също е изобразен на гоблена от Байо. По време на Стогодишната война англичаните неколкократно се опитват да го превземат, но не успяват. След Френската революция абатството е затворено и превърнато в затвор, първоначално за духовници, които се противопоставят на новия режим. След като влиятелни фигури, включително Виктор Юго, започват кампания за възстановяване на статута на Мон Сен Мишел, през 1863 г. занданът е затворен и през 1874 г. островът е обявен за исторически паметник. Мон Сен Мишел и неговият залив са обявени от ЮНЕСКО за част от Световното културно наследство през 1979 г.

Според the Making of Featurettes на Extended Edition DVDs, Мон Сен Мишел е вдъхновението за архитектурата на Минас Тирит във филма от 2003 г. Властелинът на пръстените: Завръщането на краля, режисиран от Питър Джаксън.