През 19 век в околностите на Джуба възникват търговски пост и мисия под името Гондокоро. Първоначалните намерения на Великобритания да присъедини Южен Судан към своята колония Уганда претърпяват крах след като през 1947 в Джуба е подписано споразумение за обединението на Северен и Южен Судан в една държава. През 1955 година Джуба е център на сблъсъци, които дават началото на Първата суданска гражданска война, която е прекратена през 1972. По време на Втората суданска гражданска война град Джуба отново е в центъра на военните сблъсъци. След края на втората война Южен Судан получава пълна автономия и Джуба е избрана за столица на региона. На 9 юли 2011 г. Южен Судан е провъзгласен за независима държава и Джуба става негова столица.