Разкопани останки от първата джамия

Ранната история на джамията е доста неясна, защото по горе-долу едно и също време са били построени две джамии, като причината за това не е ясна. Една вероятна причина е, че първата постройка не е била ориентирана точно към Мека[1].

Няколко години след смъртта на Али бин Юсуф, владетел от династията на Алморавидите, през 1147 г. Маракеш е завзет от Абд-ал-Мумин от Алмохадите, който се обявява за халиф. Той построява първата джамия Кутубия на мястото на двореца на Али бин Юсуф в югозападния край на медината. Строителството е извършено от испански пленници[2], започва около 1147 – 1154 г. и приключва към 1157 г. По неизяснени причини не след дълго е започната втора джамия, като поне около 30 години двете съществуват едновременно. Втората джамия наподобява по конструкция и украса първата, готова е частично към септември 1158 г., когато в нея е извършена първата служба, и е завършена към 1162 г. Има и сведения, че пълното ѝ завършване става около 1190 г. при царуването на Якуб ал Мансур, внук на Абд-ал-Мумин. Във втората джамия, след което първата е разрушена, е пренесен прочут с красотата си минбар (пюпитър), образец на декоративното изкуство на Андалус от XI век, който остава там до 1962 г.[1].