Градът е основан през първата половина на 13 век. Център на добива на сребро през Средновековието.

Богатството на кутнохорските мини, особено шахтата Осел, става основа на кралската власт в Бохемия и основен източник на средства за сградите на рода Люксембурги през 14 век. Кралете Карл IV И Вацлав IV полагат доста грижи за града, поддържат го при различни спорове, дори разкрасяват градските сгради. През втората половина на 14 век са построени „Св. Яков“ и още шест църкви, кметството и други сгради, а градът има крепостна стена с шест врати. Споменава се и за училище в града през 1363 г.