Историята на парка започва в началото на 1990-те, когато холандецът Jan Wouman и германецът Christian Osvald решават да реинтродуцират Коне на Пржевалски в тяхната прародина. През 1992 г. в Монголия са внесени 14 индивида от Холандия, а по-късно още 6 от Аскания Нова в Украйна. По-късно допълнително коне на Пржевалски са внесени още от Холандия, Швейцария и Украйна. Една част от тях са настанени в Хустайн Нуру, а останалите са населени в защитена местност в Гоби. Равносметката е, че през 1996 г. в Монголия конете успешно са аклиматизирани и наброяват 85 индивида на свобода[1]. През 2005 г. и в национален парк Хомин Тал са населени коне на Пржевалски като се създава трета популация на диви екземпляри. Така през 2015 г. тяхната численост в Монголия нараства до 400 индивида[2].

Монголското правителство обявява парка за зона със специална защита през 1993 г. В началото управлението му се е осъществявало от Асоциация по охрана на околната среда в Монголия. През 2003 г.управлението на националния парк е предадено на неправителствена организация.