Преди няколко хилядолетия територията на сегашната делта е представлявала плитък черноморски залив. На римските карти отпреди 2000 години град Егискус (днес Тулча) е отбелязан съвсем близо до Черно море, а днес е на 70 км от морето. Така е било по времето, когато в Томис е изпратен на доживотно заточение римският поет Овидий – певецът на нежните страсти. По тези места той пише своите „Писма от Понт“.

Херодот и Полибий съставили географски карти на трите ръкава, а Клавдий Птоломей през II век – карта с географски координати, която служела на лоцманите от гръцкото търговско пристанище Истър, важна търговска колония в делтата. Страбон говори за седем устия на Дунав, най-голямото от които служило за пътуване нагоре. Остров Певки (Певка) при Дунавската делта е свързан с победата на тракийското пламе Гети над Александър Македонски и с основаването на България остам Дунав след победата на хан Аспарух в битката при Онгъла станала в този район.
На устието на Дунава българите издигат средновековната крепост Селина (дн. Сулина) която контролира черноморското крайбрежие и Дунав до падането под османска власт.