За първи път гората се споменава в Ипатиевския летопис през 983 г.

Като защитена територия Беловежката гора е известна още от 1409 г., когато полският крал Владислав II Ягело, в чиито владения тогава се намира гората, издава указ, съгласно който се забранява ловът на зубри в гората.

От 1413 г. гората е част от територията на Великото Литовско княжество, а от 1795 г. е в състава на Русия.

През 1919 г. Беловежката гора преминава във владение на Полша, като в 1921 г. е образувано лесничейство „Резерват“ с площ 4693 ха, с безусловна охрана и защита на територия от 1061 ха.

През 1939 г. Беловежката гора преминава към Белоруската ССР и на нейна територия е създаден Беларуски държавен резерват „Беловежка гора“.

По време на нацистката окупация на Полша, Херман Гьоринг и германският зоолог Луц Хек планират използването на Беловежката гора за опити за развъждане на изчезнали и модифицирани видове, които да съчетаят нацистките идеи за „чистотата на расата“ и „жизнено пространство“ със зоологията, също както и използването на гората като място за лов за Гьоринг[1] и пресъздаване на сцени от „героичното минало“.[2] Германците бързо прочистват гората – около 20 хиляди души са изселени,[3] селата са опожарени, хиляди евреи са избити.[4] Луц Хек успешно заселва в гората създанени и модифицирани от него породи (подобни на тарпан, порода на Хек) и има намерение за създаването на други. Много от животните са убити по време на войната. Отделни единици все още съществуват на територията на резервата.[5]

От 1957 г. беларуската част на гората има статут на Държавно резерватно ловно стопанство, а от 1991 г. е Национален парк „Беловежка гора“ (Нацыянальны парк Белавежская пушча). На територията на Полша е създаден Беловежки национален парк.