Първите сведения за Ананури са известни от 14 век, когато в древноперсийската литература крепостта е наречена град-крепост Кара-Калкан-Кара, което означава „Крепостта на черните щитове“. Тя получава това име, тъй като охраната ѝ по това време се осъществява от въоръжени и носещи щитове хевсури, етническа група в Грузия.[1]

След това, сведения за събитията, касаещи крепостта, могат да се намерят в трудовете на грузинския историк Вахущи Багратиони, повествованието в които започва от началото на 18 век.[2]

През 17 век резиденцията на ериставите е град Душети. Главният път от града на север минава през тесния каньон на река Ведзатхеви и създава естествен проход при вливането ѝ в Арагви. На това много подходящо място ериставите издигат първо само една кула, а по-късно изграждат и крепостта Ананури.[3]

 

Ираклий II

През първата четвърт на 18 век Кахетия е подложена на постоянни нападения от лезгинци, иранци и турци. Царят на Кахетия Теймураз II не устоява на многочислените набези и през 1723 година, заедно със семейството и приближените си, се укрива в Ананури. Лезгинците го последват, но нямат никакъв успех срещу добре укрепената крепост.[3]

След време Константин, братът на Теймураз, напада ериставството. В същото време, от друга страна нападат и турците. Еристав Реваз не устоява на двойното нашествие и отстъпва от Душети в Мтиулети, историческа област в Грузия. Константин се възползва от удобния момент и напада Ананури. Отнася всички оръжия от крепостта и се оттегля в Телави.[3]

В един от летописите са описани събития през 1739 година, когато Ананури е обсадена от Ксанския еристав Шанше, подпомогнат от наети лезгинци. Обсадата трае дълго и крепостта остава непревземаема. Тогава нападателите откриват и разрушават подземния водопровод, захранващ Ананури, и така я превземат. Въпреки че Шанше обещава пощада за всички, владетелят на крепостта еристав Бардзим е убит, заедно с всичките си приближени, както и всеки, който въобще се намира в крепостта. Манастирът е ограбен, иконите са отнесени, а нападателите разрушават всичко, което могат.[2] Синът на Бардзим се затваря в една от кулите, но тя е подпалена от нашествениците и той изгаря в нея.[3] След това входът към тази кула е зазидан и остава така в продължение на 200 години. Отворен е чак през 1939 година, по време на реставрационни работи и в нея са намерени явни следи от пожара.[2]

Такъв важен стратегически пункт като Ананури не остава за дълго незает. През 1743 г. арагвският еристав Бежан е убит и цар Теймураз II, обединителят на Източна Грузия, разполага войските си в крепостта.[3]

През 1744 г. Теймураз и синът му Ираклий случайно попадат на претендент за иранския престол, заключват го в Ананури и го предават на иранския шах. След това Ираклий II се установява в крепостта и оттам ръководи всички военни операции.[3]

 

Четириъгълната кула на билото

 

Вътрешността на една от кръглите кули

През 1795 година, след Крцаниската битка, престарелият цар Ираклий II се нанася в крепостта окончателно.[3]

През 1812 горяните от областта вдигат въстание, но не успяват да завземат крепостта. Пристигат подкрепления от Тбилиси, които жестоко потушават бунта.[3]

Ананури играе важна роля и в началните години на 19 век, след като Грузия е включена в състава на Русия. В крепостта постоянно се намира руски гарнизон, който охранява главната магистрала, свързваща страната с Русия.[3]

Известно време след това крепостта служи като опорна точка за руските войски. Даже са изработени планове за изграждане на военен град около нея. След като руснаците се оттеглят, крепостта остава неизползвана и постепенно започва да се руши. През 1939 година на територията започват да се правят разкопки и археологически изследвания.[3]

След построяването на язовир Жинвали, Ананури се оказва на западния му бряг.[1]