V əsrdən başlayaraq müasir Filippinin ərazisində müxtəlif xalqların və mədəniyyətlərin qovuşmasından yaranmış sivilizasiya formalaşmışdır. Adaların neqritlərdən və aetlətdən ibarət yerli əhalisi tarixəqədər dövrdə adaların geniş ərazilərinə yayılsalar da, nəhayət, sıx meşələrə çəkildilər. Sonralar, adalarda Tayvan vasitəsilə Cənubi Çindən gələn və avroneziya dillərində tayfalar məskunlaşdılar. VIII əsrdə bu ərazilərdə Çin tacirləri daha tez-tez görünürdülər. VV_XVII əsrlərdə hind-malay dəniz krallığına daxil olan Filippinə 1521-ci ildə gələn Fernando Magellan yerli tayfalarla toqquşmalardan birində öldürülmüşdür.

XIV əsrdə Filippin ərazisinə ərəblər gəldilər. Filppinin şimalındakı adalara (indiki Manila ərazisinə) ilk Avropalılar gələnədək Cənub-şərqi Asiyada yerləşən Şrivicay krallığına xərac ödəyən, eyni zamanda müstəqil daxili idarəetmə səlahiyyətlərinə malik racə tərəfindən idarə olunurdu.

1521-ci ildə Fernando Magellanın başçılığı ilə ispan ekspedisiyası Filippin sahillərinə çıxdı. 27 aprel 1565-ci ildə ispan konkistadoru Migel de Laqaspi 400 nəfər silahlı əsgərin müşaiyəti ilə adaya gəldi və ilk ispan yaşayış məntəqəsinin — San Migel yaşayış məskəninin əsasını qoydular. Sonralar ispanlar adanı İspaniya kralı II Filippin şərəfinə Filippin adlandırdılar. Bu ərazi Yeni İspaniyanın vitse-kralına tabe edildi. Əhalisi əsasən müsəlman olan qiyamçı cənub əyalətləri istisna olmaqla, digər ərazilərdə ispan dili və katolik dini geniş yayıldı.

1762-ci ildə ağır döyüşlərdən sonra Manila şəhəri Böyük Britaniyanın müstəmləkə ordusu tərəfindən işğal edilsə də, növbəti il həmin ərazilər İspaniyaya qaytarıldı. XVIII əsrin sonlarında Filippində separatizm hərəkatı genişləndi. Müsəlmanlar və yerli Çin diasporu İspaniya əleyhinə mübarizəni gücləndirdilər.