Aqadez 14-cü əsrdən əvvəl qurulmuş və trans-Sahara ticarət yolu ətrafında böyüməklə tədricən Tuareq xalqının ən vacib şəhəri olmuşdur. Şəhərə hələ də Bilmadan duz gətirən karvanlar gəlir.

1449-cu ildə Aqadez bir sultanlığa çevrildi, lakin sonradan Sonqay İmperiyası tərəfindən fəth edildi və 1591-ci ilə qədər bu imperiyanın bir hissəsi olaraq qaldı.[1] Bu nöqtədə şəhərin 30.000 nəfər əhalisi var idi. Daxili mübarizə sultanlığın tədricən tənəzzülünə səbəb oldu və 19-cu əsrin ortalarına qədərki şəhər keçmiş halına qayıda bilmədi.[1]

Bəziləri 19-cu əsrə, Fransız müstəmləkə imperiyası tərəfindən işğal edilənə qədər Aqadezin Osmanlı İmperiyasının Afrika qitəsindəki ən yüksək səviyyəli şəhəri olduğunu iddia edirlər, lakin bu iddia tarixçilər tərəfindən təsdiqlənməmişdir.[2]

Şəhər 1906-cı ildən fransızlar tərəfindən idarə olunmuşdur.[1] Bu ucqar bölgəni effektiv idarə edə bilməyən fransızlar bərpa edilmiş bir sultanın köməyi ilə hökmranlıq edirdilər.[1] Sonralar Aqadez, 1990-cı illərdə Nigeriyanın mərkəzi və şimalında baş verən Tuareq üsyanında əhəmiyyətli bir yer oldu.

İkinci Tuareq üsyanı nəticəsində baş verən zorakılıqlar və minlərlə insanın deportasiyası 2007-ci ilin sonundan 2009-cu ilə qədər Aqadez bölgəsinə təsir etdi. 2007-ci ilin sonundan 2008-ci ilin sonuna qədər Nigerin bütün şimalı ABŞ Dövlət Departamenti tərəfindən ABŞ vətəndaşları üçün gediş-gəlişi təhlükəli olan bölgələrin siyahısına yerləşdirildi. Avropa aviaşirkətləri tərəfindən 2007–2008-ci il turizm mövsümü (sentyabr — mart) üçün Aqadezə turist reysləri dayandırıldı. 2007-ci ilə qədər böyüyən turizm sənayesi tənəzzülə uğradı. Bütün bölgə 2007-ci ilin oktyabr ayından 2009-cu ilin əvvəlinə qədər yenilənən bir Niger Hökuməti Müstəsna Dövlətinin (səyahət, iclaslar, siyasi fəaliyyətlər və s.-in məhdudlaşdırılması) tabeliyinə verildi. Aqadezə gedən yolların minalanmış olduğu və hökumətin beynəlxalq jurnalistlər və yardım təşkilatları üçün ərazini bağladığı bildirildi. İğtişaşlar nəticəsində naməlum sayda (bir neçə min nəfər olduğu bildirilir) məcburi köçkün şəhərə toplaşdı.

2010-cu illərdə Aqadez Liviyaya, oradan da Avropaya gedən Qərbi Afrika miqrantları üçün əsas tranzit şəhər oldu.[3] 2016-cı ildə baş verən iğtişaşlar miqrant axınını yavaşlatsa da, son Yerdəyişim İzləmə Matrisi Nigeriyadakı altı nəzarət edilən nöqtədən gündəlik orta hesabla 1212 nəfərin keçdiyini[4] və çoxunun Aqadezdən keçəcəyini söylədi.