قصفت قوات الجيش السوداني مدينة جوبا سنة 1956م في الحرب الأهلية السودانية الأولى بحجة مساعدتهم الحركة الشعبية لتحرير السودان. أصابتها في عام 1999 م عمليات قصف أدت إلى هدم للمباني خلال الحرب الأهلية السودانية الثانية في عملية كبيرة شنتها قوات الحكومة السودانية على الحركة الشعبية لتحرير السودان, وقد أدى ذلك إلى مقتل حوالي 750 شخصا في جنوب السودان، منهم 79 في مدينة جوبا.

في سبتمبر 2011 قرر مجلس وزراء دولة جنوب السودان في اجتماعه الدوري بحضور رئيس الحكومة سلفاكير ميارديت نقل عاصمة الجنوب من جوبا إلى مدينة رامشيل في ولاية البحيرات الواقعة بين ولايات جونقلي والاستوائية وأعالي النيل وذلك خلال فترة ما بين ثلاث وست سنوات وقد أعلن وزير الإعلام والمتحدث باسم حكومة الجنوب دكتور برنابا مريال بنجامين بأن نقل العاصمة جاء بقرار من المجتمع المحلي الرافض لوجود العاصمة في جوبا إلى جانب كثرة مشاكل الأراضي في المدينة خاصة للمستثمرين، مشيراً إلى أن اللجنة الوزارية لاختيار العاصمة قد اجتمعت بقيادة قبيلة الباريا في الاستوائية الوسطى التي تقع فيها مدينة جوبا، وأضاف أن قادة القبيلة أكدوا أنهم لا يمانعون من نقل العاصمة من جوبا.[1]