يعود تاريخ إنشاء مدينة الداخلة إلى سنة 1884، وكانت وقتها مستعمرة إسبانية، وتحمل اسم «فيلا سيسنيروس»، ويعتقد أن الاسم مُستمد من اسم فرانسيسكو خيمينيز دي سيسنيروس، وهو كاردينال إسباني عاش في القرن السادس عشر ميلادي. وقد استمر الوجود الإسباني في الداخلة إلى غاية 1975، تاريخ إعلان المسيرة الخضراء.

في 4 مارس 1980، حل الملك الراحل الحسن الثاني بمدينة الداخلة في إطار زيارة رسمية بمناسبة عيد العرش.

في 8 ماي 2010، تم في مدينة الداخلة حدث صنع أكبر علم للمغرب بمساحة 60 ألف متر مربع ووزن 20 طناً، تزامنا مع عيد ميلاد الأمير مولاي الحسن، وقد تم اعتماد هذا العلم في موسوعة غينيس للأرقام القياسية.[1]

في أبريل 2014، حل الملك محمد السادس بمدينة الداخلة في زيارة خاصة، وفي فبراير 2016، عاد من جديد الملك محمد السادس لمدينة الداخلة، وأشرف على إطلاق برنامجي تنمية جهتي الداخلة وادي الذهب وكلميم واد نون (2016-2021) في إطار تفعيل النموذج التنموي الجديد للأقاليم الجنوبية.[2][3]

في سنة 2020، قامت العديد من الدول بفتح قنصليات لها بمدينة الداخلة، بهدف دعم وحدة الأراضي المغربية، والتأكيد على موقفها من مغربية الصحراء، في 7 يناير 2020، قامت غامبيا بفتح قنصلية عامة لها في الداخلة.[4] ثم تبعتها غينيا في 17 يناير 2020 وقامت أيضاً بفتح قنصلية عامة لها في مدينة الداخلة.[5] وفي 28 فبراير 2020 فتحت جيبوتي قنصليتها العامة في الداخلة.[6] ولاحقاً قامت العديد من الدول الأخرى بفتح قنصليات لها أيضاً بمدينة الداخلة، وهذه الدول هي: ليبيريا، غينيا الإستوائية، غينيا بيساو، بوركينافاسو، هايتي، الكونغو الديمقراطية، السينغال.[7]