Vizitate de arabi, descoperite de portughezi, pe ale căror hărți sunt și marcate din 1502 (Vasco da Gama - 1502, Pedro Mascarenhas - 1505), explorate de o expediție britanică în 1609, insulele Seychelles, nelocuite până la descoperirea lor de către portughezi, sunt colonizate de francezi la jumătatea secolului al XVIII-lea și anexate Franței în 1756. Numele insulelor a fost dat după cel al contelui Moreau de Séchelles (insula Mahé după guvernatorul francez Mahé de la Bourdonnais). Pe plantații sunt aduși sclavi negri din Africa. Ocupate în 1810 și anexate între 1814 și 1903 prin Tratatul de la Paris de Marea Britanie, insulele Seychelles sunt unite administrativ cu Mauritius. De la 31 august 1903, constituie o colonie separată a Coroanei britanice. La 1 octombrie 1975 Seychelles obțin autonomia internă, iar în urma Conferinței constituționale de la Londra (19 - 22 ianuarie 1976), își proclamă la 28 iunie 1976 independența ca republică în cadrul Commonwealth-ului. Devine membru ONU din 21 septembrie 1976.
După independență, Marea Britanie retrocedează insulele Aldabra, Farquhar și Desroches (atașate din 1965 Teritoriului Britanic din Oceanul Indian), iar în 1978 încep negocierile cu Franța în legătură cu insula Tromelin (pe care autoritățile franceze au ocupat-o în 1954 cu acordul Marii Britanii). La 5 iunie 1977 președintele James Mancham este demis în timp ce se afla la Conferința Commonwealth-ului de la Londra și France Albert René (prim-ministru de la 28 iunie 1976) se proclamă președinte (reales în repetate rânduri, ultima dată în 2001). Constituția din 1993 prevede revenirea la un sistem pluralist (abolit prin cea din 1979).
Procesul de democratizare amorsat în 1991, continuă, economia de piață este încurajată, autoritățile se opun însă dezvoltării necontrolate a turismului (care reprezintă principalul izvor de devize străine), pentru a nu periclita ecosistemele din insule.